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/ Département d'informatique et de recherche opérationnelle

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Sylvie Hamel

Vcard

Directrice de département

Faculté des arts et des sciences - Département d'informatique et de recherche opérationnelle

Professeure titulaire

Faculté des arts et des sciences - Département d'informatique et de recherche opérationnelle

André-Aisenstadt office 3161

sylvie.hamel@umontreal.ca

514 343-6111 #3504

Courriels

hamelsyl@iro.umontreal.ca (Travail)

Affiliations

  • Responsable – LBIT — Laboratoire de biologie informatique et théorique
  • Membre – CRM — Centre de recherches mathématiques

Education Programs

  • PhD in Biochemistry – Fundamental and Applied Sciences Health Sciences Life Sciences
  • Fundamental and Applied Sciences Health Sciences Life Sciences

Courses

  • BCM70522 Communication scientifique avancée 2.2
  • BIN70062 Communication scientifique avancée 3.2

Areas of Expertise

Student supervision Expand all Collapse all

HarmonyCo : développement d'une bibliothèque Python pour le calcul optimisé de la médiane de permutations Thèses et mémoires dirigés / 2024 - 2024
Graduate : Rabah, Ahmed Imed Eddine
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Combinaison de différents scores génétiques pour mieux évaluer l’impact des CNV sur la cognition Thèses et mémoires dirigés / 2022 - 2022
Graduate : Diop, Mame Seynabou
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Étude algorithmique et combinatoire de la méthode de Kemeny-Young et du consensus de classements Thèses et mémoires dirigés / 2019 - 2019
Graduate : Milosz, Robin
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Étude combinatoire et algorithmique de la médiane de permutations sous la distance de Kendall-Tau Thèses et mémoires dirigés / 2019 - 2019
Graduate : Desharnais, Charles
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Étude de la médiane de permutations sous la distance de Kendall-Tau Thèses et mémoires dirigés / 2016 - 2016
Graduate : Milosz, Robin
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Analysing artefacts dependencies to evolving software systems Thèses et mémoires dirigés / 2014 - 2014
Graduate : Jaafar, Fehmi
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Quantification de la relation séquence-activité de l’ARN par prédiction de structure tridimensionnelle Thèses et mémoires dirigés / 2013 - 2013
Graduate : St-Onge, Karine
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Evaluating Design Decay during Software Evolution Thèses et mémoires dirigés / 2013 - 2013
Graduate : Hassaine, Salima
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Modeling protein evolution using secondary structures Thèses et mémoires dirigés / 2011 - 2011
Graduate : Mohaddes, Zia
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Analyse de la corrélation conditionnelle dérivée de la coévolution d’un système de trois gènes par un modèle du maximum de vraisemblance Thèses et mémoires dirigés / 2011 - 2011
Graduate : Benoit Bouvrette, Louis Philip
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Algorithmes pour la réconciliation d’un arbre de gènes avec un arbre d’espèces Thèses et mémoires dirigés / 2010 - 2010
Graduate : Doyon, Jean-Philippe
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Helix Explorer : une nouvelle base de données de structures de protéines Thèses et mémoires dirigés / 2007 - 2007
Graduate : Tikah Marrakchi, Mohamed
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
De nouveaux algorithmes de tri par transpositions Thèses et mémoires dirigés / 2007 - 2007
Graduate : Benoît-Gagné, Maxime
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Parcours de parents immigrants dont le fils a fait l'expérience d'un gang de rue et d'une institutionnalisation : vécu familial bouleversé Thèses et mémoires dirigés / 2007 - 2007
Graduate : Brisebois, René-André
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Algorithme de comparaison de structures secondaires d'ARN Thèses et mémoires dirigés / 2006 - 2006
Graduate : Guignon, Valentin
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
L'intervention face au phénomène des gangs : l'exemple du Centre jeunesse de Montréal - Institut universitaire Thèses et mémoires dirigés / 2006 - 2006
Graduate : Razik, Noureddine
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Application d'algorithmes de bio-informatique à la recherche de patrons de conception Thèses et mémoires dirigés / 2006 - 2006
Graduate : Kaczor, Olivier
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.

Research projects Expand all Collapse all

Centre de recherches mathématiques (CRM) Projet de recherche au Canada / 2022 - 2029

Lead researcher : Octavian Cornea
Co-researchers : Yoshua Bengio , François Lalonde , Gilles Brassard , Michel Delfour , Marlène Frigon , Véronique Hussin , Christiane Rousseau , Jacques Bélair , Paul M Gauthier , Sabin Lessard , Alain Vinet , Nadia El-Mabrouk , Gena Hahn , Christian Léger , Fahima Nekka , Iosif Polterovich , Yvan Saint Aubin , Andrew Granville , Sylvie Hamel , Manuel Morales , François Perron , Mylène Bédard , Pierre Duchesne , Matilde Lalin , Robert Gwyn Owens , Manu Paranjape , Dana Schlomiuk , Luc Vinet , Mireille Schnitzer , Karim Jerbi , Alexander Fribergh , Alejandro Murua , Maciej Augustyniak , Benoît Mâsse , Dimitrios Koukoulopoulos , Jun Li , Benjamin Seamone , William Witczak-Krempa , Egor Shelukhin , Morgan Craig , Guillaume Lajoie , Margarida Carvalho , Guy Wolf , Florian Maire , Frédéric Dupont-Dupuis , Michael C. Mackey , Frédéric Lesage , Russell Steele , Erica Moodie , Paul François , Henri Darmon , Maxime Descoteaux , Prakash Panangaden , André Dieter Bandrauk , Peter Bartello , Chantal David , Jean-Marc Lina , Anthony Raymond Humphries , John P. Harnad , Jacques Claude Hurtubise , Pengfei Guan , John A Toth , Niky Kamran , Adrian Iovita , Eyal Goren , Dmitry Jakobson , Vojkan Jaksic , Daniel Tzvi Wise , André Garon , Éric P. Marchand , Debbie Janice Dupuis , Yogendra Chaubey , Pawel Gora , Hershy Kisilevsky , Galia Dafni , D. Korotkin , Marco Bertola , Alina Stancu , Lea Popovic , Ibrahim Assem , Tomasz Kaczynski , Shiping Liu , Vasilisa Shramchenko , Bruno L. Rémillard , Richard Fournier , Alfred Michel Grundland , David Stephens , Xiaowen Chang , Frederic Guichard , Erik P. Cook , Robert Brandenberger , Adrian Vetta , Keshav Dasgupta , Christophe Grova , Gantumur Tsogtgerel , Johanna Neslehova , Jean-Christophe Nave , Anmar Khadra , Adam M. Oberman , Michael Yves Michel Pichot , Alexander Maloney , Dana Louigi Addario-Berry , José Garrido , Alexei Kokotov , Wei Sun , Patrice Gaillardetz , Linan Chen , Piotr Przytycki , Vladimir Makarenkov , Louis-Paul Rivest , François Bergeron , Steven P. Boyer , Line Baribeau , Frédéric Gourdeau , Claude Levesque , Thomas Joseph Ransford , Jean-Marie De Koninck , Javad Mashreghi , Thierry Duchesne , Srecko Brlek , Christophe Reutenauer , Vestislav Apostolov , Steven Lu , Geneviève Lefebvre , Hélène Cossette , Étienne Marceau , José Manuel Urquiza , Hugo Chapdelaine , Michael Lau , Alexandre Girouard , Antonio Lei , Jean-François Renaud , Christophe Hohlweg , Mathieu Boudreault , FRANCO SALIOLA , Alexandre Roch , Frédéric Rochon , Alexandre Blondin-Massé , Clement Hyvrier , Denis Talbot , Alexandre Bureau , Fabrice Larribe , Aurélie Labbe , Cody Hyndman , Khader Khadraoui , Hamed Hatami , Roger Villemaire , Frédéric Godin , Marcin Sabok , Yi Yang , Anne Mackay , Jérôme Vétois , Ting-Huei Chen , Habib Benali , Taoufik Bouezmani , Christian Genest , Xiaowen Zhou , Sorana Froda , Mélina Mailhot , Alexandra Schmidt , Simon Philippe Caron-Huot , Abdoulaye Banire Diallo , Jean-Philippe Lessard , Sarah Harrison , Anne-Sophie Charest , Masoud Asgharian-Dastenael , Rustum Choksi , Abbas Khalili Mahmoudabadi , Simon Gravel , Arusharka Sen , Arthur Charpentier , Mathieu Pigeon , Benoit Larose , Thomas Brüstle , Laurent Charlin , Janosch Ortmann , Tim Hoheisel , Jean Deteix , Jessica Lin , Michael Lipnowski , Giovanni Rosso , Thomas Hugh , Jean-Philippe Burelle , Julien Keller , Félix Camirand Lemyre , Marie-Pier Côté , Damir Kinzebulatov , Duncan McCoy , Klaus Herrmann , Felix Kwok , Courtney Paquette , Anush Tserunyan , Suresh Krishna , Valentino Tosatti , Patrick Brodie Allen , Behrooz Yousefzadeh , Marc-Hubert Nicole , Rober Platt
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques

Algorithmic and combinatorial problems inspired by comparative genomics. Projet de recherche au Canada / 2016 - 2024

Lead researcher : Sylvie Hamel
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe

FGR CRSNG en lien avec RN000686 Projet de recherche au Canada / 2021 - 2023

Lead researcher : Sylvie Hamel
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVXXXXXX-FGR - Subvention de recherche institutionnelle

CENTRE DE RECHERCHES MATHEMATIQUES (CRM) Projet de recherche au Canada / 2015 - 2023

Lead researcher : Luc Vinet , Octavian Cornea
Co-researchers : Yoshua Bengio , François Lalonde , Gilles Brassard , Michel Delfour , Marlène Frigon , Véronique Hussin , Christiane Rousseau , Pavel Winternitz , Jacques Bélair , Paul M Gauthier , Sabin Lessard , Alain Vinet , Nadia El-Mabrouk , Fahima Nekka , Jiri Patera , Iosif Polterovich , Yvan Saint Aubin , Andrew Granville , Sylvie Hamel , Manuel Morales , François Perron , Pierre Duchesne , Matilde Lalin , Robert Gwyn Owens , Manu Paranjape , Alfred Michel Grundland , Mireille Schnitzer , Karim Jerbi , Alexander Fribergh , Alejandro Murua , Maciej Augustyniak , Louis-Pierre Arguin , Dimitrios Koukoulopoulos , Jun Li , Benjamin Seamone , William Witczak-Krempa , Laurent Charlin , Dominique Pelletier , Michael C. Mackey , Frédéric Lesage , Russell Steele , Erica Moodie , Paul François , Henri Darmon , Maxime Descoteaux , Prakash Panangaden , André Dieter Bandrauk , Peter Bartello , Chantal David , Jean-Marc Lina , Johannes Walcher , Anthony Raymond Humphries , John P. Harnad , Jacques Claude Hurtubise , Pengfei Guan , John A Toth , Karl Peter Russell , Niky Kamran , Adrian Iovita , Eyal Goren , Dmitry Jakobson , Vojkan Jaksic , Daniel Tzvi Wise , André Garon , Éric P. Marchand , Debbie Janice Dupuis , Syed Ali , Yogendra Chaubey , Christopher Cummins , Pawel Gora , Hershy Kisilevsky , Galia Dafni , D. Korotkin , Benoit Larose , Marco Bertola , Alina Stancu , Lea Popovic , Ibrahim Assem , Tomasz Kaczynski , Shiping Liu , Virginie Charette , Vasilisa Shramchenko , Bruno L. Rémillard , Thomas Brüstle , Richard Fournier , David Stephens , Xiaowen Chang , Frederic Guichard , Erik P. Cook , Robert Brandenberger , Adrian Vetta , Keshav Dasgupta , Christophe Grova , Bruce Shepherd , Gantumur Tsogtgerel , Johanna Neslehova , Jean-Christophe Nave , Anmar Khadra , Adam M. Oberman , Michael Yves Michel Pichot , Alexander Maloney , Dana Louigi Addario-Berry , Eusebius Jacobus Doedel , José Garrido , Richard Hall , Alexei Kokotov , Wei Sun , Patrice Gaillardetz , Linan Chen , Payman Kassaei , Piotr Przytycki , André Fortin , Louis-Paul Rivest , François Bergeron , Steven P. Boyer , Frédéric Gourdeau , Claude Levesque , Pierre Mathieu , Thomas Joseph Ransford , Jean-Marie De Koninck , Javad Mashreghi , Thierry Duchesne , Srecko Brlek , Christophe Reutenauer , Vestislav Apostolov , Steven Lu , Geneviève Lefebvre , Pedro Peres-Neto , Hélène Cossette , Étienne Marceau , José Manuel Urquiza , Hugo Chapdelaine , Michael Lau , Alexandre Girouard , Antonio Lei , Anne Bergeron , Jean-François Renaud , Christophe Hohlweg , Mathieu Boudreault , FRANCO SALIOLA , Alexandre Roch , Frédéric Rochon , Mark Powell , Alexandre Blondin-Massé , Clement Hyvrier , Denis Talbot , Alexandre Bureau , M'Hamed Lajmi Lakhal Chaieb , Karim Oualkacha , Aurélie Labbe , Cody Hyndman , Khader Khadraoui , Hamed Hatami , Roger Villemaire , Jean-François Coeurjolly , Frédéric Godin , Marcin Sabok , Yi Yang , Anne Mackay , Paramita Saha Chaudhuri , Jérôme Vétois , Ting-Huei Chen , Christian Genest , Xiaowen Zhou , Sorana Froda
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques

Supplément COVID-19 CRSNG_Algorithmic and combinatorial problems inspired by comparative genomics. Projet de recherche au Canada / 2020 - 2021

Lead researcher : Sylvie Hamel
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVXXXXXX-Supplément à l’appui des étudiants, des stagiaires postdoctoraux et du personnel de soutien à la recherche COVID-19

ALGORITHMIC AND COMBINATORIAL STUDIES INSPIRED BY PROGBLEMS OF COMPARATIVE GENOMICS Projet de recherche au Canada / 2003 - 2017

Lead researcher : Sylvie Hamel
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe

Réseau Franco-Québécois de recherche sur l'ARN Projet de recherche au Canada / 2015 - 2016

Lead researcher : Sylvie Hamel
Co-researchers : Jérôme Waldispuhl
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(FQ) Dévelop. de partenariats stratégiques en matière d'enseignement et de recherche (CFQCU)

CENTRE DE RECHERCHES MATHEMATIQUES (CRM) Projet de recherche au Canada / 2008 - 2016

Lead researcher : Luc Vinet
Co-researchers : Yoshua Bengio , François Lalonde , Gilles Brassard , Michel Delfour , Marlène Frigon , Véronique Hussin , Christiane Rousseau , Pavel Winternitz , Jacques Bélair , Anne Bourlioux , Paul M Gauthier , Sabin Lessard , Jean-François Angers , Abraham Broer , Nadia El-Mabrouk , Gena Hahn , Christian Léger , Fahima Nekka , Jiri Patera , Iosif Polterovich , Yvan Saint Aubin , Andrew Granville , Sylvie Hamel , Manuel Morales , François Perron , Octavian Cornea , Pierre Duchesne , Robert Gwyn Owens , Manu Paranjape , Jonathan Taylor , Michael C. Mackey , Frédéric Lesage , Erica Moodie , Henri Darmon , Maxime Descoteaux , André Dieter Bandrauk , Peter Bartello , Chantal David , Jean-Marc Lina , Johannes Walcher , Anthony Raymond Humphries , John P. Harnad , Jacques Claude Hurtubise , Pengfei Guan , David Avis , James Owen Ramsay , John A Toth , Sherwin A Maslowe , David B Wolfson , Karl Peter Russell , Olga Kharlampovich , Niky Kamran , Adrian Iovita , Eyal Goren , Dmitry Jakobson , Alain C. Vandal , Vojkan Jaksic , Daniel Tzvi Wise , Alexei Miasnikov , Thomas Wihler , Robert Seiringer , André Garon , John Mullins , Éric P. Marchand , Debbie Janice Dupuis , Syed Ali , Yogendra Chaubey , Christopher Cummins , Pawel Gora , Hershy Kisilevsky , John McKay , Galia Dafni , D. Korotkin , Benoit Larose , Marco Bertola , Vasek Chvatal , Alexander Shnirelman , Alina Stancu , Lea Popovic , Ibrahim Assem , Tomasz Kaczynski , Shiping Liu , Virginie Charette , Vasilisa Shramchenko , Bruno L. Rémillard , Yinannis Petridis , David Sankoff , Thomas Brüstle , Habib Benali , Nantel Bergeron , Simon Chauve , Francis Clarke , Richard Fournier , Martin Jakob Gander , Nadia Ghazzali , Alfred Michel Grundland , André Fortin , Louis-Paul Rivest , Christian Genest , François Bergeron , Steven P. Boyer , Line Baribeau , Frédéric Gourdeau , Robert Guénette , Claude Levesque , Pierre Mathieu , Thomas Joseph Ransford , Jean-Marie De Koninck , Javad Mashreghi , Thierry Duchesne , Srecko Brlek , André Joyal , Brenda MacGibbon , Christophe Reutenauer , Vestislav Apostolov , Olivier Collin , Steven Lu , Elisa Shahbazia Ohannessian
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques

ALGORITHMIC AND COMBINATORIAL STUDIES INSPIRED BY PROGBLEMS OF COMPARATIVE GENOMICS Projet de recherche au Canada / 2011 - 2015

Lead researcher : Sylvie Hamel

Additional Information

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Portraits de profs : Sylvie Hamel

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