Despite the remarkable unity of the basic components of the living world (DNA, RNA, the genetic code), we are probably still not aware of the diversity of genome structures nor of the diversity of means genomes use to evolve. In addition to local mutations affecting genome sequences, various global mutations also affect their overall gene order and content: rearrangements, horizontal gene transfer, hybridization, losses, duplications ranging from single genes to the whole genome.

By comparing complete or partial genomes it is possible to infer evolutionary scenarios for gene families, gene clusters or entire genomes, and to predict ancestral characteristics. This has important consequences, not only for documenting the evolutionary history of life on earth, but also for answering many fundamental biological questions regarding gene function, adaptation processes and variations on the genetic and physiological specificities of species. Each problem, each type of mutation (or set of mutations), has its own model and gives rise to specific algorithmic, combinatorial, statistical and mathematical developments. Our research projects are related to these computational biology aspects of comparative genomics.

Student supervision Expand all Collapse all

Edit distance metrics for measuring dissimilarity between labeled gene trees Thèses et mémoires dirigés / 2020 - 2020

Graduate : Briand, Samuel
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.

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Assessing the robustness of genetic codes and genomes Thèses et mémoires dirigés / 2020 - 2020

Graduate : Sautié Castellanos, Miguel
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.

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Méthodes et algorithmes pour l’amélioration de l’inférence de l’histoire évolutive des génomes Thèses et mémoires dirigés / 2019 - 2019

Graduate : Noutahi, Finagnon Marc-Rolland Emmanuel
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.

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Évolution des génomes par mutations locales et globales : une approche d’alignement Thèses et mémoires dirigés / 2017 - 2017

Graduate : Benzaid, Billel
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.

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Algorithmes de construction et correction d'arbres de gènes par la réconciliation Thèses et mémoires dirigés / 2016 - 2016

Graduate : Lafond, Manuel
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.

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Étude de l’évolution des génomes par duplications, pertes et réarrangements Thèses et mémoires dirigés / 2014 - 2014

Graduate : Tremblay Savard, Olivier
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.

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Évolution de familles de gènes par duplications et pertes : algorithmes pour la correction d’arbres bruités Thèses et mémoires dirigés / 2012 - 2012

Graduate : Doroftei, Andrea
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.

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Algorithmes pour la reconstruction de génomes ancestraux Thèses et mémoires dirigés / 2012 - 2012

Graduate : Gagnon, Yves
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.

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Approches algorithmiques pour l’inférence d’histoires de duplication en tandem avec inversions et délétions pour des familles multigéniques Thèses et mémoires dirigés / 2010 - 2010

Graduate : Lajoie, Mathieu
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.

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Recherche de snoRNAs de type C/D dans le génome de S.cerevisiae en corrélation avec le signal de reconnaissance à l'enzyme RNT1p Thèses et mémoires dirigés / 2007 - 2007

Graduate : Christin, Sébastien
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.

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Recherche de structures secondaires dans les séquences biologiques Thèses et mémoires dirigés / 2002 - 2002

Graduate : Huang, Houjing
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.

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Algorithmes pour le réarrangement des génomes par inversions Thèses et mémoires dirigés / 2002 - 2002

Graduate : Ajana, Yasmine
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.

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Research projects Expand all Collapse all

Algorithmic approaches for phylogenomics Projet de recherche au Canada / 2024 - 2031

Lead researcher : Nadia El-Mabrouk

Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)

Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe

Centre de recherches mathématiques (CRM) Projet de recherche au Canada / 2022 - 2029

Lead researcher : Octavian Cornea

Co-researchers : Yoshua Bengio , François Lalonde , Gilles Brassard , Michel Delfour , Marlène Frigon , Véronique Hussin , Christiane Rousseau , Jacques Bélair , Paul M Gauthier , Sabin Lessard , Alain Vinet , Nadia El-Mabrouk , Gena Hahn , Christian Léger , Fahima Nekka , Iosif Polterovich , Yvan Saint Aubin , Andrew Granville , Sylvie Hamel , Manuel Morales , François Perron , Mylène Bédard , Pierre Duchesne , Matilde Lalin , Robert Gwyn Owens , Manu Paranjape , Dana Schlomiuk , Luc Vinet , Mireille Schnitzer , Karim Jerbi , Alexander Fribergh , Alejandro Murua , Maciej Augustyniak , Benoît Mâsse , Dimitrios Koukoulopoulos , Jun Li , Benjamin Seamone , William Witczak-Krempa , Egor Shelukhin , Morgan Craig , Guillaume Lajoie , Margarida Carvalho , Guy Wolf , Florian Maire , Frédéric Dupont-Dupuis , Michael C. Mackey , Frédéric Lesage , Russell Steele , Erica Moodie , Paul François , Henri Darmon , Maxime Descoteaux , Prakash Panangaden , André Dieter Bandrauk , Peter Bartello , Chantal David , Jean-Marc Lina , Anthony Raymond Humphries , John P. Harnad , Jacques Claude Hurtubise , Pengfei Guan , John A Toth , Niky Kamran , Adrian Iovita , Eyal Goren , Dmitry Jakobson , Vojkan Jaksic , Daniel Tzvi Wise , André Garon , Éric P. Marchand , Debbie Janice Dupuis , Yogendra Chaubey , Pawel Gora , Hershy Kisilevsky , Galia Dafni , D. Korotkin , Marco Bertola , Alina Stancu , Lea Popovic , Ibrahim Assem , Tomasz Kaczynski , Shiping Liu , Vasilisa Shramchenko , Bruno L. Rémillard , Richard Fournier , Alfred Michel Grundland , David Stephens , Xiaowen Chang , Frederic Guichard , Erik P. Cook , Robert Brandenberger , Adrian Vetta , Keshav Dasgupta , Christophe Grova , Gantumur Tsogtgerel , Johanna Neslehova , Jean-Christophe Nave , Anmar Khadra , Adam M. Oberman , Michael Yves Michel Pichot , Alexander Maloney , Dana Louigi Addario-Berry , José Garrido , Alexei Kokotov , Wei Sun , Patrice Gaillardetz , Linan Chen , Piotr Przytycki , Vladimir Makarenkov , Louis-Paul Rivest , François Bergeron , Steven P. Boyer , Line Baribeau , Frédéric Gourdeau , Claude Levesque , Thomas Joseph Ransford , Jean-Marie De Koninck , Javad Mashreghi , Thierry Duchesne , Srecko Brlek , Christophe Reutenauer , Vestislav Apostolov , Steven Lu , Geneviève Lefebvre , Hélène Cossette , Étienne Marceau , José Manuel Urquiza , Hugo Chapdelaine , Michael Lau , Alexandre Girouard , Antonio Lei , Jean-François Renaud , Christophe Hohlweg , Mathieu Boudreault , FRANCO SALIOLA , Alexandre Roch , Frédéric Rochon , Alexandre Blondin-Massé , Clement Hyvrier , Denis Talbot , Alexandre Bureau , Fabrice Larribe , Aurélie Labbe , Cody Hyndman , Khader Khadraoui , Hamed Hatami , Roger Villemaire , Frédéric Godin , Marcin Sabok , Yi Yang , Anne Mackay , Jérôme Vétois , Ting-Huei Chen , Habib Benali , Taoufik Bouezmani , Christian Genest , Xiaowen Zhou , Sorana Froda , Mélina Mailhot , Alexandra Schmidt , Simon Philippe Caron-Huot , Abdoulaye Banire Diallo , Jean-Philippe Lessard , Sarah Harrison , Anne-Sophie Charest , Masoud Asgharian-Dastenael , Rustum Choksi , Abbas Khalili Mahmoudabadi , Simon Gravel , Arusharka Sen , Arthur Charpentier , Mathieu Pigeon , Benoit Larose , Thomas Brüstle , Laurent Charlin , Janosch Ortmann , Tim Hoheisel , Jean Deteix , Jessica Lin , Michael Lipnowski , Giovanni Rosso , Thomas Hugh , Jean-Philippe Burelle , Julien Keller , Félix Camirand Lemyre , Marie-Pier Côté , Damir Kinzebulatov , Duncan McCoy , Klaus Herrmann , Felix Kwok , Courtney Paquette , Anush Tserunyan , Suresh Krishna , Valentino Tosatti , Patrick Brodie Allen , Behrooz Yousefzadeh , Marc-Hubert Nicole , Rober Platt

Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)

Grant programs: PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques

An algorithmic framework for gene family evolution Projet de recherche au Canada / 2018 - 2025

Lead researcher : Nadia El-Mabrouk

Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)

Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe

CENTRE DE RECHERCHES MATHEMATIQUES (CRM) Projet de recherche au Canada / 2015 - 2023

Lead researcher : Luc Vinet , Octavian Cornea

Co-researchers : Yoshua Bengio , François Lalonde , Gilles Brassard , Michel Delfour , Marlène Frigon , Véronique Hussin , Christiane Rousseau , Pavel Winternitz , Jacques Bélair , Paul M Gauthier , Sabin Lessard , Alain Vinet , Nadia El-Mabrouk , Fahima Nekka , Jiri Patera , Iosif Polterovich , Yvan Saint Aubin , Andrew Granville , Sylvie Hamel , Manuel Morales , François Perron , Pierre Duchesne , Matilde Lalin , Robert Gwyn Owens , Manu Paranjape , Alfred Michel Grundland , Mireille Schnitzer , Karim Jerbi , Alexander Fribergh , Alejandro Murua , Maciej Augustyniak , Louis-Pierre Arguin , Dimitrios Koukoulopoulos , Jun Li , Benjamin Seamone , William Witczak-Krempa , Laurent Charlin , Dominique Pelletier , Michael C. Mackey , Frédéric Lesage , Russell Steele , Erica Moodie , Paul François , Henri Darmon , Maxime Descoteaux , Prakash Panangaden , André Dieter Bandrauk , Peter Bartello , Chantal David , Jean-Marc Lina , Johannes Walcher , Anthony Raymond Humphries , John P. Harnad , Jacques Claude Hurtubise , Pengfei Guan , John A Toth , Karl Peter Russell , Niky Kamran , Adrian Iovita , Eyal Goren , Dmitry Jakobson , Vojkan Jaksic , Daniel Tzvi Wise , André Garon , Éric P. Marchand , Debbie Janice Dupuis , Syed Ali , Yogendra Chaubey , Christopher Cummins , Pawel Gora , Hershy Kisilevsky , Galia Dafni , D. Korotkin , Benoit Larose , Marco Bertola , Alina Stancu , Lea Popovic , Ibrahim Assem , Tomasz Kaczynski , Shiping Liu , Virginie Charette , Vasilisa Shramchenko , Bruno L. Rémillard , Thomas Brüstle , Richard Fournier , David Stephens , Xiaowen Chang , Frederic Guichard , Erik P. Cook , Robert Brandenberger , Adrian Vetta , Keshav Dasgupta , Christophe Grova , Bruce Shepherd , Gantumur Tsogtgerel , Johanna Neslehova , Jean-Christophe Nave , Anmar Khadra , Adam M. Oberman , Michael Yves Michel Pichot , Alexander Maloney , Dana Louigi Addario-Berry , Eusebius Jacobus Doedel , José Garrido , Richard Hall , Alexei Kokotov , Wei Sun , Patrice Gaillardetz , Linan Chen , Payman Kassaei , Piotr Przytycki , André Fortin , Louis-Paul Rivest , François Bergeron , Steven P. Boyer , Frédéric Gourdeau , Claude Levesque , Pierre Mathieu , Thomas Joseph Ransford , Jean-Marie De Koninck , Javad Mashreghi , Thierry Duchesne , Srecko Brlek , Christophe Reutenauer , Vestislav Apostolov , Steven Lu , Geneviève Lefebvre , Pedro Peres-Neto , Hélène Cossette , Étienne Marceau , José Manuel Urquiza , Hugo Chapdelaine , Michael Lau , Alexandre Girouard , Antonio Lei , Anne Bergeron , Jean-François Renaud , Christophe Hohlweg , Mathieu Boudreault , FRANCO SALIOLA , Alexandre Roch , Frédéric Rochon , Mark Powell , Alexandre Blondin-Massé , Clement Hyvrier , Denis Talbot , Alexandre Bureau , M'Hamed Lajmi Lakhal Chaieb , Karim Oualkacha , Aurélie Labbe , Cody Hyndman , Khader Khadraoui , Hamed Hatami , Roger Villemaire , Jean-François Coeurjolly , Frédéric Godin , Marcin Sabok , Yi Yang , Anne Mackay , Paramita Saha Chaudhuri , Jérôme Vétois , Ting-Huei Chen , Christian Genest , Xiaowen Zhou , Sorana Froda

Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)

Grant programs: PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques

Prédiction automatique de modifications du code génétique et de l’ARN messager Projet de recherche au Canada / 2017 - 2021

Lead researcher : Nadia El-Mabrouk

Co-researchers : Franz Bernd Lang , Mathieu Blanchette

Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)

Grant programs: PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)

EVOLUTION OF GENOME ORGANIZATION Projet de recherche au Canada / 2013 - 2019

Lead researcher : Nadia El-Mabrouk

Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)

Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe

EVOLUTION DES GENES D'ARN DE TRANSFERT A L'ECHELLE GENOMIQUE Projet de recherche au Canada / 2013 - 2017

Lead researcher : Nadia El-Mabrouk

Co-researchers : Franz Bernd Lang , Mathieu Blanchette

Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)

Grant programs: PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)

CENTRE DE RECHERCHES MATHEMATIQUES (CRM) Projet de recherche au Canada / 2008 - 2016

Lead researcher : Luc Vinet

Co-researchers : Yoshua Bengio , François Lalonde , Gilles Brassard , Michel Delfour , Marlène Frigon , Véronique Hussin , Christiane Rousseau , Pavel Winternitz , Jacques Bélair , Anne Bourlioux , Paul M Gauthier , Sabin Lessard , Jean-François Angers , Abraham Broer , Nadia El-Mabrouk , Gena Hahn , Christian Léger , Fahima Nekka , Jiri Patera , Iosif Polterovich , Yvan Saint Aubin , Andrew Granville , Sylvie Hamel , Manuel Morales , François Perron , Octavian Cornea , Pierre Duchesne , Robert Gwyn Owens , Manu Paranjape , Jonathan Taylor , Michael C. Mackey , Frédéric Lesage , Erica Moodie , Henri Darmon , Maxime Descoteaux , André Dieter Bandrauk , Peter Bartello , Chantal David , Jean-Marc Lina , Johannes Walcher , Anthony Raymond Humphries , John P. Harnad , Jacques Claude Hurtubise , Pengfei Guan , David Avis , James Owen Ramsay , John A Toth , Sherwin A Maslowe , David B Wolfson , Karl Peter Russell , Olga Kharlampovich , Niky Kamran , Adrian Iovita , Eyal Goren , Dmitry Jakobson , Alain C. Vandal , Vojkan Jaksic , Daniel Tzvi Wise , Alexei Miasnikov , Thomas Wihler , Robert Seiringer , André Garon , John Mullins , Éric P. Marchand , Debbie Janice Dupuis , Syed Ali , Yogendra Chaubey , Christopher Cummins , Pawel Gora , Hershy Kisilevsky , John McKay , Galia Dafni , D. Korotkin , Benoit Larose , Marco Bertola , Vasek Chvatal , Alexander Shnirelman , Alina Stancu , Lea Popovic , Ibrahim Assem , Tomasz Kaczynski , Shiping Liu , Virginie Charette , Vasilisa Shramchenko , Bruno L. Rémillard , Yinannis Petridis , David Sankoff , Thomas Brüstle , Habib Benali , Nantel Bergeron , Simon Chauve , Francis Clarke , Richard Fournier , Martin Jakob Gander , Nadia Ghazzali , Alfred Michel Grundland , André Fortin , Louis-Paul Rivest , Christian Genest , François Bergeron , Steven P. Boyer , Line Baribeau , Frédéric Gourdeau , Robert Guénette , Claude Levesque , Pierre Mathieu , Thomas Joseph Ransford , Jean-Marie De Koninck , Javad Mashreghi , Thierry Duchesne , Srecko Brlek , André Joyal , Brenda MacGibbon , Christophe Reutenauer , Vestislav Apostolov , Olivier Collin , Steven Lu , Elisa Shahbazia Ohannessian

Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)

Grant programs: PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques