Student supervision
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Predicting biomolecular function from 3D dynamics : sequence-sensitive coarse-grained elastic network model coupled to machine learning
Thèses et mémoires dirigés
/
2023
-
2023
Graduate : Mailhot, Olivier
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Dissecting the effects of tumor microenvironment factors on cancer cells to reveal novel targets for multi-targeting RNA-based therapeutics
Thèses et mémoires dirigés
/
2023
-
2023
Graduate : Quenneville, Jordan
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
La reconnaissance automatique des brins complémentaires : leçons concernant les habiletés des algorithmes d'apprentissage automatique en repliement des acides ribonucléiques
Thèses et mémoires dirigés
/
2023
-
2023
Graduate : Chasles, Simon
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Comprendre la fonction cellulaire par l’analyse du transcriptome : une approche bio-informatique
Thèses et mémoires dirigés
/
2022
-
2022
Graduate : Mola, Saraï
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Modélisation des réseaux de régulation de l’expression des gènes par les microARN
Thèses et mémoires dirigés
/
2021
-
2021
Graduate : Poirier-Morency, Guillaume
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Caractérisation systématique des motifs de régulation en cis à l’échelle transcriptomique et liens avec la localisation des ARN
Thèses et mémoires dirigés
/
2020
-
2020
Graduate : Benoit Bouvrette, Louis Philip
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Nucleotide Complementarity Features in the Design of Effective Artificial miRNAs
Thèses et mémoires dirigés
/
2019
-
2019
Graduate : Yan, Yifei
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Prédiction et visualisation de la réactivité chimique des ARN.
Proposition d’un modèle basé sur la réactivité :
des cycles minimaux et des sous-structures composées de ces cycles.
Thèses et mémoires dirigés
/
2019
-
2019
Graduate : Malric, Philippe
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Étude de la signature dynamique de transcrits primaires impliquée dans la maturation des microARN
Thèses et mémoires dirigés
/
2017
-
2017
Graduate : Robitaille, Julie
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Unfolding RNA 3D structures for secondary structure prediction benchmarking
Thèses et mémoires dirigés
/
2017
-
2017
Graduate : C-Parent, Gabriel
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Identification de caractéristiques communes et rares dans les ARN structurés dans la base de données Rfam
Thèses et mémoires dirigés
/
2016
-
2016
Graduate : El Korbi, Amell
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Une signature du polymorphisme structural d’acides ribonucléiques non-codants permettant de comparer leurs niveaux d’activités biochimiques
Thèses et mémoires dirigés
/
2015
-
2015
Graduate : Dallaire, Paul
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Modélisation de réseaux d'interactions des microARN et analyse et validation expérimentale de leurs boucles minimales avec des facteurs de transcription
Thèses et mémoires dirigés
/
2013
-
2013
Graduate : Lisi, Véronique
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Quantification de la relation séquence-activité de l’ARN par prédiction de structure tridimensionnelle
Thèses et mémoires dirigés
/
2013
-
2013
Graduate : St-Onge, Karine
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Riboswitches : le cas des atténuateurs de la transcription du type terminateur/antiterminateur chez les bactéries
Thèses et mémoires dirigés
/
2012
-
2012
Graduate : Abella, Maria de los A.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Prédiction de boucles de régulation associant microARN et gènes régulés par le récepteur de l'acide rétinoïque dans le cancer du sein
Thèses et mémoires dirigés
/
2011
-
2011
Graduate : Boufaden, Asma
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Étude structurale conformationnelle des toxines de l’anthrax par cryo-microscopie et dynamique moléculaire
Thèses et mémoires dirigés
/
2011
-
2011
Graduate : Fabre, Lucien
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
A new paradigm for the folding of ribonucleic acids
Thèses et mémoires dirigés
/
2010
-
2010
Graduate : Parisien, Marc
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Prédiction structurale de biomolécules à l'aide d'une construction d'automates cellulaires simulant la dynamique moléculaire
Thèses et mémoires dirigés
/
2009
-
2009
Graduate : Caron, André
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Identification in silico d’éléments de réponse de récepteurs nucléaires impliqués dans le cancer du sein
Thèses et mémoires dirigés
/
2009
-
2009
Graduate : Laperrière, David
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Représentation et recherche de motifs cycliques et structuraux d’ARN connus dans les structures secondaires
Thèses et mémoires dirigés
/
2009
-
2009
Graduate : Louis-Jeune, Caroline
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Conception de microARNs pour attenuer l'expression de genes
Thèses et mémoires dirigés
/
2009
-
2009
Graduate : Caron, Maxime
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Analyse de motifs d'ARN
Thèses et mémoires dirigés
/
2008
-
2008
Graduate : Lavoie, Louis-Philippe
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Approche plurielle à l'étude de la structure tertiaire de l'ARN chez les virus
Thèses et mémoires dirigés
/
2007
-
2007
Graduate : Permal, Emmanuelle
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
MC-Map, un nouvel outil d'intégration de motifs
Thèses et mémoires dirigés
/
2007
-
2007
Graduate : St-Onge, Nicolas
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Un dictionnaire pour faciliter la recherche des gènes dans la littérature et sur Internet
Thèses et mémoires dirigés
/
2007
-
2007
Graduate : Halawani, Amine
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Les feuillets beta dans les protéines : annotation, comparaison et construction
Thèses et mémoires dirigés
/
2005
-
2005
Graduate : Parisien, Marc
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Prédiction des pré-miARN basée sur la conservation de structure dans les pri-miARN
Thèses et mémoires dirigés
/
2005
-
2005
Graduate : Tibiche, Chabane
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Analyse des données d'expression de gènes
Thèses et mémoires dirigés
/
2005
-
2005
Graduate : Paquet, Éric
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Prédiction de la structure commune aux ARN messagers codant pour la protéine STG
Thèses et mémoires dirigés
/
2005
-
2005
Graduate : Terbaoui, Ratiba
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Modélisation tridimensionnelle des ARN par exploration de l'espace conformationnel et satisfaction de contraintes
Thèses et mémoires dirigés
/
2004
-
2004
Graduate : Thibault, Philippe
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Recherche de motifs structuraux dans les complexes acides ribonucléiques/protéines
Thèses et mémoires dirigés
/
2003
-
2003
Graduate : Drapeau, Mathieu
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Sélection d'oligonucléotides pour la fabrication de biopuces d'ADN
Thèses et mémoires dirigés
/
2002
-
2002
Graduate : Dallaire, Paul
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Modélisation automatisée de la structure 3-D des ARNs
Thèses et mémoires dirigés
/
2002
-
2002
Graduate : Lemieux, Sébastien
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Un algorithme génétique pour l'arrimage moléculaire
Thèses et mémoires dirigés
/
2002
-
2002
Graduate : Levac, François
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Étude de la structure des ARNm et des protéines impliqués dans les maladies neurodégénératives à prion
Thèses et mémoires dirigés
/
2001
-
2001
Graduate : Barrette, Isabelle H.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Définition d'une mesure de compatibilité séquence-structure dans les protéines à l'aide de modèles probabilistes graphiques et de réseaux de neurones artificiels
Thèses et mémoires dirigés
/
2001
-
2001
Graduate : St-Arnaud, Daniel
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Détection et analyse de motifs structuraux et fonctionnels dans les acides ribonucléiques
Thèses et mémoires dirigés
/
2000
-
2000
Graduate : Gendron, Patrick
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Étude des environnements de microsimulation économique avec agents partiellement rationnels
Thèses et mémoires dirigés
/
1999
-
1999
Graduate : Trussart, Vincent
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Modélisation des boucles dans les protéines
Thèses et mémoires dirigés
/
1999
-
1999
Graduate : Lefebvre, Sébastien
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Modélisation de la structure 3-D des ARN par satisfaction de contraintes
Thèses et mémoires dirigés
/
1999
-
1999
Graduate : Lemieux, Sébastien
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Phylogénétique basée sur les cassures du génome
Thèses et mémoires dirigés
/
1998
-
1998
Graduate : Blanchette, Mathieu
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Propriétés relationnelles tridimensionnelles des structures d'acides nucléiques
Thèses et mémoires dirigés
/
1998
-
1998
Graduate : Ftouhi, Abdelmjid
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Research projects
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Computational analysis and modeling of ribonucleic acid structure, function, and dynamics
Projet de recherche au Canada
/
2020
-
2027
Lead researcher :
François Major
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
CECR_IRICoR_Integration of Multiple Algorithms into a Service Platform for Accurate and Precise Design and Structure Prediction of Coding and Non-Coding RNA Sequences
Projet de recherche au Canada
/
2023
-
2025
Co-researchers :
François Major
Funding sources:
Secrétariat Inter-Conseil et Réseaux des centres d'excellence (RCE)
Grant programs:
COMPUTATIONAL ANALYSIS AND MODELING OF NONCODING RIBONUCLEIC ACID STRUCTURE AND FUNCTION
Projet de recherche au Canada
/
2014
-
2022
Lead researcher :
François Major
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
Supplément COVID-19 CRSNG_Computational analysis and modeling of ribonucleic acid structure, function, and dynamics
Projet de recherche au Canada
/
2020
-
2021
Lead researcher :
François Major
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PVXXXXXX-Supplément à l’appui des étudiants, des stagiaires postdoctoraux et du personnel de soutien à la recherche COVID-19
Identifier le talon d’Achille du SARS-CoV-2
Projet de recherche au Canada
/
2020
-
2021
Lead researcher :
François Major
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Projet de recherche
Computation of cell-specific microRNA: Mrna rgulatory networks enables the design of efficient RNAi-based therapeutics
Projet de recherche au Canada
/
2016
-
2021
Lead researcher :
François Major
Co-researchers :
Thomas Duchaine
Funding sources:
Génome Canada
,
IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs:
PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.
,
PVXX5647-(MOP) Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques (général)
UNE APPROCHE CHIMIO- ET PROTEO-GENOMIQUE EN MEDECINE PERSONNALISEE POUR LA LEUCEMIE MYELOIDE AIGUE
Projet de recherche au Canada
/
2015
-
2020
Co-researchers :
Claude Perreault
,
Stephen Hanessian
,
Michel Bouvier
,
Trang Hoang
,
François Major
,
Denis-Claude Roy
,
Louis Gaboury
,
Sylvie Mader
,
Sylvain Meloche
,
Marc Therrien
,
Pierre Thibault
,
Katherine Borden
,
Jean-Claude Labbé
,
Alain Verreault
,
Julie Lessard
,
Jean Roy
,
Martine Raymond
,
Vincent Archambault
,
Sébastien Lemieux
,
Anne Marinier
,
Jean-Sébastien Delisle
,
Brian Wilhelm
,
Damien D'Amours
,
Philippe P. Roux
,
Josée Hébert
,
Julie Bergeron
,
Léa Harrington
,
Michael David Tyers
,
Grégoire Leclair
Funding sources:
FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'innovation
Programme de bourse d'été et d'initiation à la recherche au premier cycle IVADO. Candidat: Jorge Luis Flores / Discoverning the RNA structural determinants of the RNA-binding proteins
Projet de recherche au Canada
/
2018
-
2018
Lead researcher :
François Major
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Bourse
Deciphering and targeting the gene interaction networks that shape cancer cells
Projet de recherche au Canada
/
2015
-
2018
Lead researcher :
François Major
Funding sources:
SRC/Société de recherche sur le cancer
Grant programs:
PVX12154-Subvention de fonctionnement
RÉSEAU FRANCO-QUÉBÉCOIS DE RECHERCHE SUR L'ARN
Projet de recherche au Canada
/
2013
-
2016
Lead researcher :
Jérôme Waldispuhl
Funding sources:
Centre/Coop.Interuni.Franco-Québéc/Fra
Grant programs:
COMPUTATIONAL PREDICTION OF RNA 3D STRUCTURE USING LOW RESOLUTION DATA AND A NEW RNA FOLDING ALGORITHM
Projet de recherche au Canada
/
2010
-
2016
Lead researcher :
François Major
Funding sources:
NIH/National Institutes of Health (NIH)
Grant programs:
METHODES INFORMATIQUE POUR PREDIRE LES MUTATIONS MODIFIANT LA STRUCTURE TERTIAIRE DES ARNS
Projet de recherche au Canada
/
2011
-
2015
Lead researcher :
Jérôme Waldispuhl
Co-researchers :
François Major
Funding sources:
FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs:
PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)
COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL STUDIES OF GENE SILENCING MECHANISMS
Projet de recherche au Canada
/
2009
-
2015
Lead researcher :
François Major
Funding sources:
IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs:
PVXX5647-(MOP) Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques (général)
COMPUTERIZED ANALYSIS AND PREDICTION OF RNA STRUCTURE AND FUNCTION
Projet de recherche au Canada
/
1997
-
2015
Lead researcher :
François Major
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
METHODES INFORMATIQUES POUR PREDIRE LES MUTATIONS MODIFIANT LA STRUCTURE TERTIAIRE DES ARNS
Projet de recherche au Canada
/
2011
-
2014
Lead researcher :
Jérôme Waldispuhl
Co-researchers :
François Major
Funding sources:
FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs:
PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)
COMPUTERIZED ANALYSIS AND PREDICTION OF RNA STRUCTURE AND FUNCTION
Projet de recherche au Canada
/
2009
-
2013
Lead researcher :
François Major
RNA FOLDING AS A MEDIATOR OF STRESS RESPONSE IN PLANTS
Projet de recherche au Canada
/
2009
-
2013
Lead researcher :
François Major
Funding sources:
International Human Frontier Science Program Organisation
Grant programs:
COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL STUDIES OF GENE SILENCING MECHANISMS
Projet de recherche au Canada
/
2008
-
2013
Lead researcher :
François Major
DEVELOPING AND TESTING SMALL RNA-BASED MULTIPLE-TARGET GENE THERAPIES AGAINST CANCER AND AIDS
Projet de recherche au Canada
/
2009
-
2012
Lead researcher :
François Major
TECHNOLOGICAL ADVANCES IN RNA THERAPY SYMPOSIUM
Projet de recherche au Canada
/
2011
-
2011
Lead researcher :
François Major