Nadia El-Mabrouk

Professeure titulaire

Faculté des arts et des sciences - Département d'informatique et de recherche opérationnelle

André-Aisenstadt local 3163

nadia.el-mabrouk@umontreal.ca

514 343-7481

mabrouk@iro.umontreal.ca (Travail)

Télécopieur : 514 343-5834

Web : ResearchGate

Web : Site web de l’unité de recherche

Web : Blogue

Web : Autre site web

Biographie

Nadia El-Mabrouk est professeure titulaire au département d'informatique de l'Université de Montréal. Elle detient un Ph.D. en Informatique théorique de l'universite Paris VII, obtenu en 1996. Elle est membre du Centre de Recherche Mathematiques et du Centre Robert Cedergren . Son domaine de recherche est la biologie computationnelle. Ses projets de recherche principaux sont reliés au developpement de méthodes algorithmiques et mathematiques pour la génomique comparative. Elle œuvre regulièrement dans les comité de programme des conférences de Bio-informatiques telles que RECOMB, RECOMB-CG, ISMB, ECCB et WABI.

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Affiliations

Responsable – LBIT — Laboratoire de biologie informatique et théorique
Membre – CRM — Centre de recherches mathématiques
Membre – Centre Robert-Cedergren de l’Université de Montréal

Programmes d’enseignement

Baccalauréat en informatique – Sciences pures et sciences appliquées Technologies de l'information (TIC)
Majeure en informatique – Sciences pures et sciences appliquées Technologies de l'information (TIC)
Baccalauréat en mathématiques et informatique – Sciences pures et sciences appliquées
Baccalauréat en mathématiques et informatique – Sciences pures et sciences appliquées
Baccalauréat en physique et informatique – Sciences pures et sciences appliquées
Baccalauréat en physique et informatique – Sciences pures et sciences appliquées
Baccalauréat en bio-informatique – Sciences pures et sciences appliquées Sciences de la santé Sciences de la vie
Baccalauréat en bio-informatique – Sciences pures et sciences appliquées Sciences de la santé Sciences de la vie
Maîtrise en informatique – Sciences pures et sciences appliquées Technologies de l'information (TIC)
Maîtrise en bio-informatique – Sciences de la santé Sciences de la vie Sciences pures et sciences appliquées

Cours donnés

BIN6000 Algorithmes en bio-informatique génomique
IFT3295 Bio-informatique
IFT4055 Projet informatique honor
IFT6291 Bio-informatique génomique

Expertises

Malgré la remarquable unité des principaux composants du monde vivant (ADN, ARN, code génétique), nous ne sommes probablement pas encore assez conscient de toute la diversité des structures génomiques existantes, ni de la diversité des modes d'évolution les générant. En plus des substitutions, insertions et délétions ponctuelles, les génomes évoluent par une multitude de mécanismes tels que réarrangements, transferts horizontaux, pertes de gènes, hybridation, duplications simples, segmentales ou même de génomes entiers. Par la comparaison de génomes, il est possible d'inférer des scénarios d'évolution pour des familles de gènes, des clusters ou des génomes entiers, et de prédire les les charactéristiques des génomes ancestraux. En plus de permettre de documenter l'histoire de l'évolution de la vie sur terre, l'inférence d'histoires évolutives permet de répondre à une multitude de questions biologiques concernant la fonction des gènes et les spécificités génétiques des espèces. Chaque problème, chaque type de mutation (ou combinaison de mutations), nécessite une modélisation spécifique et donne lieu à des développements algorithmiques, combinatoires, statistiques, mathématiques différents. C'est à ces problèmes que nous nous consacrons.

Encadrement Tout déplier Tout replier

Edit distance metrics for measuring dissimilarity between labeled gene trees Thèses et mémoires dirigés / 2020 - 2020

Diplômé(e) : Briand, Samuel
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

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Assessing the robustness of genetic codes and genomes Thèses et mémoires dirigés / 2020 - 2020

Diplômé(e) : Sautié Castellanos, Miguel
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

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Méthodes et algorithmes pour l’amélioration de l’inférence de l’histoire évolutive des génomes Thèses et mémoires dirigés / 2019 - 2019

Diplômé(e) : Noutahi, Finagnon Marc-Rolland Emmanuel
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.

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Évolution des génomes par mutations locales et globales : une approche d’alignement Thèses et mémoires dirigés / 2017 - 2017

Diplômé(e) : Benzaid, Billel
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.

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Algorithmes de construction et correction d'arbres de gènes par la réconciliation Thèses et mémoires dirigés / 2016 - 2016

Diplômé(e) : Lafond, Manuel
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.

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Étude de l’évolution des génomes par duplications, pertes et réarrangements Thèses et mémoires dirigés / 2014 - 2014

Diplômé(e) : Tremblay Savard, Olivier
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.

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Évolution de familles de gènes par duplications et pertes : algorithmes pour la correction d’arbres bruités Thèses et mémoires dirigés / 2012 - 2012

Diplômé(e) : Doroftei, Andrea
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

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Algorithmes pour la reconstruction de génomes ancestraux Thèses et mémoires dirigés / 2012 - 2012

Diplômé(e) : Gagnon, Yves
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

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Approches algorithmiques pour l’inférence d’histoires de duplication en tandem avec inversions et délétions pour des familles multigéniques Thèses et mémoires dirigés / 2010 - 2010

Diplômé(e) : Lajoie, Mathieu
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.

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Recherche de snoRNAs de type C/D dans le génome de S.cerevisiae en corrélation avec le signal de reconnaissance à l'enzyme RNT1p Thèses et mémoires dirigés / 2007 - 2007

Diplômé(e) : Christin, Sébastien
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

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Recherche de structures secondaires dans les séquences biologiques Thèses et mémoires dirigés / 2002 - 2002

Diplômé(e) : Huang, Houjing
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

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Algorithmes pour le réarrangement des génomes par inversions Thèses et mémoires dirigés / 2002 - 2002

Diplômé(e) : Ajana, Yasmine
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

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Projets de recherche Tout déplier Tout replier

Algorithmic approaches for phylogenomics Projet de recherche au Canada / 2024 - 2031

Chercheur principal : Nadia El-Mabrouk

Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)

Programmes de subvention : PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe

Centre de recherches mathématiques (CRM) Projet de recherche au Canada / 2022 - 2029

Chercheur principal : Octavian Cornea

Co-chercheurs : Yoshua Bengio , François Lalonde , Gilles Brassard , Michel Delfour , Marlène Frigon , Véronique Hussin , Christiane Rousseau , Jacques Bélair , Paul M Gauthier , Sabin Lessard , Alain Vinet , Nadia El-Mabrouk , Gena Hahn , Christian Léger , Fahima Nekka , Iosif Polterovich , Yvan Saint Aubin , Andrew Granville , Sylvie Hamel , Manuel Morales , François Perron , Mylène Bédard , Pierre Duchesne , Matilde Lalin , Robert Gwyn Owens , Manu Paranjape , Dana Schlomiuk , Luc Vinet , Mireille Schnitzer , Karim Jerbi , Alexander Fribergh , Alejandro Murua , Maciej Augustyniak , Benoît Mâsse , Dimitrios Koukoulopoulos , Jun Li , Benjamin Seamone , William Witczak-Krempa , Egor Shelukhin , Morgan Craig , Guillaume Lajoie , Margarida Carvalho , Guy Wolf , Florian Maire , Frédéric Dupont-Dupuis , Michael C. Mackey , Frédéric Lesage , Russell Steele , Erica Moodie , Paul François , Henri Darmon , Maxime Descoteaux , Prakash Panangaden , André Dieter Bandrauk , Peter Bartello , Chantal David , Jean-Marc Lina , Anthony Raymond Humphries , John P. Harnad , Jacques Claude Hurtubise , Pengfei Guan , John A Toth , Niky Kamran , Adrian Iovita , Eyal Goren , Dmitry Jakobson , Vojkan Jaksic , Daniel Tzvi Wise , André Garon , Éric P. Marchand , Debbie Janice Dupuis , Yogendra Chaubey , Pawel Gora , Hershy Kisilevsky , Galia Dafni , D. Korotkin , Marco Bertola , Alina Stancu , Lea Popovic , Ibrahim Assem , Tomasz Kaczynski , Shiping Liu , Vasilisa Shramchenko , Bruno L. Rémillard , Richard Fournier , Alfred Michel Grundland , David Stephens , Xiaowen Chang , Frederic Guichard , Erik P. Cook , Robert Brandenberger , Adrian Vetta , Keshav Dasgupta , Christophe Grova , Gantumur Tsogtgerel , Johanna Neslehova , Jean-Christophe Nave , Anmar Khadra , Adam M. Oberman , Michael Yves Michel Pichot , Alexander Maloney , Dana Louigi Addario-Berry , José Garrido , Alexei Kokotov , Wei Sun , Patrice Gaillardetz , Linan Chen , Piotr Przytycki , Vladimir Makarenkov , Louis-Paul Rivest , François Bergeron , Steven P. Boyer , Line Baribeau , Frédéric Gourdeau , Claude Levesque , Thomas Joseph Ransford , Jean-Marie De Koninck , Javad Mashreghi , Thierry Duchesne , Srecko Brlek , Christophe Reutenauer , Vestislav Apostolov , Steven Lu , Geneviève Lefebvre , Hélène Cossette , Étienne Marceau , José Manuel Urquiza , Hugo Chapdelaine , Michael Lau , Alexandre Girouard , Antonio Lei , Jean-François Renaud , Christophe Hohlweg , Mathieu Boudreault , FRANCO SALIOLA , Alexandre Roch , Frédéric Rochon , Alexandre Blondin-Massé , Clement Hyvrier , Denis Talbot , Alexandre Bureau , Fabrice Larribe , Aurélie Labbe , Cody Hyndman , Khader Khadraoui , Hamed Hatami , Roger Villemaire , Frédéric Godin , Marcin Sabok , Yi Yang , Anne Mackay , Jérôme Vétois , Ting-Huei Chen , Habib Benali , Taoufik Bouezmani , Christian Genest , Xiaowen Zhou , Sorana Froda , Mélina Mailhot , Alexandra Schmidt , Simon Philippe Caron-Huot , Abdoulaye Banire Diallo , Jean-Philippe Lessard , Sarah Harrison , Anne-Sophie Charest , Masoud Asgharian-Dastenael , Rustum Choksi , Abbas Khalili Mahmoudabadi , Simon Gravel , Arusharka Sen , Arthur Charpentier , Mathieu Pigeon , Benoit Larose , Thomas Brüstle , Laurent Charlin , Janosch Ortmann , Tim Hoheisel , Jean Deteix , Jessica Lin , Michael Lipnowski , Giovanni Rosso , Thomas Hugh , Jean-Philippe Burelle , Julien Keller , Félix Camirand Lemyre , Marie-Pier Côté , Damir Kinzebulatov , Duncan McCoy , Klaus Herrmann , Felix Kwok , Courtney Paquette , Anush Tserunyan , Suresh Krishna , Valentino Tosatti , Patrick Brodie Allen , Behrooz Yousefzadeh , Marc-Hubert Nicole , Rober Platt

Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)

Programmes de subvention : PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques

An algorithmic framework for gene family evolution Projet de recherche au Canada / 2018 - 2025

Chercheur principal : Nadia El-Mabrouk

Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)

Programmes de subvention : PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe

CENTRE DE RECHERCHES MATHEMATIQUES (CRM) Projet de recherche au Canada / 2015 - 2023

Chercheur principal : Luc Vinet , Octavian Cornea

Co-chercheurs : Yoshua Bengio , François Lalonde , Gilles Brassard , Michel Delfour , Marlène Frigon , Véronique Hussin , Christiane Rousseau , Pavel Winternitz , Jacques Bélair , Paul M Gauthier , Sabin Lessard , Alain Vinet , Nadia El-Mabrouk , Fahima Nekka , Jiri Patera , Iosif Polterovich , Yvan Saint Aubin , Andrew Granville , Sylvie Hamel , Manuel Morales , François Perron , Pierre Duchesne , Matilde Lalin , Robert Gwyn Owens , Manu Paranjape , Alfred Michel Grundland , Mireille Schnitzer , Karim Jerbi , Alexander Fribergh , Alejandro Murua , Maciej Augustyniak , Louis-Pierre Arguin , Dimitrios Koukoulopoulos , Jun Li , Benjamin Seamone , William Witczak-Krempa , Laurent Charlin , Dominique Pelletier , Michael C. Mackey , Frédéric Lesage , Russell Steele , Erica Moodie , Paul François , Henri Darmon , Maxime Descoteaux , Prakash Panangaden , André Dieter Bandrauk , Peter Bartello , Chantal David , Jean-Marc Lina , Johannes Walcher , Anthony Raymond Humphries , John P. Harnad , Jacques Claude Hurtubise , Pengfei Guan , John A Toth , Karl Peter Russell , Niky Kamran , Adrian Iovita , Eyal Goren , Dmitry Jakobson , Vojkan Jaksic , Daniel Tzvi Wise , André Garon , Éric P. Marchand , Debbie Janice Dupuis , Syed Ali , Yogendra Chaubey , Christopher Cummins , Pawel Gora , Hershy Kisilevsky , Galia Dafni , D. Korotkin , Benoit Larose , Marco Bertola , Alina Stancu , Lea Popovic , Ibrahim Assem , Tomasz Kaczynski , Shiping Liu , Virginie Charette , Vasilisa Shramchenko , Bruno L. Rémillard , Thomas Brüstle , Richard Fournier , David Stephens , Xiaowen Chang , Frederic Guichard , Erik P. Cook , Robert Brandenberger , Adrian Vetta , Keshav Dasgupta , Christophe Grova , Bruce Shepherd , Gantumur Tsogtgerel , Johanna Neslehova , Jean-Christophe Nave , Anmar Khadra , Adam M. Oberman , Michael Yves Michel Pichot , Alexander Maloney , Dana Louigi Addario-Berry , Eusebius Jacobus Doedel , José Garrido , Richard Hall , Alexei Kokotov , Wei Sun , Patrice Gaillardetz , Linan Chen , Payman Kassaei , Piotr Przytycki , André Fortin , Louis-Paul Rivest , François Bergeron , Steven P. Boyer , Frédéric Gourdeau , Claude Levesque , Pierre Mathieu , Thomas Joseph Ransford , Jean-Marie De Koninck , Javad Mashreghi , Thierry Duchesne , Srecko Brlek , Christophe Reutenauer , Vestislav Apostolov , Steven Lu , Geneviève Lefebvre , Pedro Peres-Neto , Hélène Cossette , Étienne Marceau , José Manuel Urquiza , Hugo Chapdelaine , Michael Lau , Alexandre Girouard , Antonio Lei , Anne Bergeron , Jean-François Renaud , Christophe Hohlweg , Mathieu Boudreault , FRANCO SALIOLA , Alexandre Roch , Frédéric Rochon , Mark Powell , Alexandre Blondin-Massé , Clement Hyvrier , Denis Talbot , Alexandre Bureau , M'Hamed Lajmi Lakhal Chaieb , Karim Oualkacha , Aurélie Labbe , Cody Hyndman , Khader Khadraoui , Hamed Hatami , Roger Villemaire , Jean-François Coeurjolly , Frédéric Godin , Marcin Sabok , Yi Yang , Anne Mackay , Paramita Saha Chaudhuri , Jérôme Vétois , Ting-Huei Chen , Christian Genest , Xiaowen Zhou , Sorana Froda

Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)

Programmes de subvention : PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques

Prédiction automatique de modifications du code génétique et de l’ARN messager Projet de recherche au Canada / 2017 - 2021

Chercheur principal : Nadia El-Mabrouk

Co-chercheurs : Franz Bernd Lang , Mathieu Blanchette

Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)

Programmes de subvention : PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)

EVOLUTION OF GENOME ORGANIZATION Projet de recherche au Canada / 2013 - 2019

Chercheur principal : Nadia El-Mabrouk

Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)

Programmes de subvention : PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe

EVOLUTION DES GENES D'ARN DE TRANSFERT A L'ECHELLE GENOMIQUE Projet de recherche au Canada / 2013 - 2017

Chercheur principal : Nadia El-Mabrouk

Co-chercheurs : Franz Bernd Lang , Mathieu Blanchette

Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)

Programmes de subvention : PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)

CENTRE DE RECHERCHES MATHEMATIQUES (CRM) Projet de recherche au Canada / 2008 - 2016

Chercheur principal : Luc Vinet

Co-chercheurs : Yoshua Bengio , François Lalonde , Gilles Brassard , Michel Delfour , Marlène Frigon , Véronique Hussin , Christiane Rousseau , Pavel Winternitz , Jacques Bélair , Anne Bourlioux , Paul M Gauthier , Sabin Lessard , Jean-François Angers , Abraham Broer , Nadia El-Mabrouk , Gena Hahn , Christian Léger , Fahima Nekka , Jiri Patera , Iosif Polterovich , Yvan Saint Aubin , Andrew Granville , Sylvie Hamel , Manuel Morales , François Perron , Octavian Cornea , Pierre Duchesne , Robert Gwyn Owens , Manu Paranjape , Jonathan Taylor , Michael C. Mackey , Frédéric Lesage , Erica Moodie , Henri Darmon , Maxime Descoteaux , André Dieter Bandrauk , Peter Bartello , Chantal David , Jean-Marc Lina , Johannes Walcher , Anthony Raymond Humphries , John P. Harnad , Jacques Claude Hurtubise , Pengfei Guan , David Avis , James Owen Ramsay , John A Toth , Sherwin A Maslowe , David B Wolfson , Karl Peter Russell , Olga Kharlampovich , Niky Kamran , Adrian Iovita , Eyal Goren , Dmitry Jakobson , Alain C. Vandal , Vojkan Jaksic , Daniel Tzvi Wise , Alexei Miasnikov , Thomas Wihler , Robert Seiringer , André Garon , John Mullins , Éric P. Marchand , Debbie Janice Dupuis , Syed Ali , Yogendra Chaubey , Christopher Cummins , Pawel Gora , Hershy Kisilevsky , John McKay , Galia Dafni , D. Korotkin , Benoit Larose , Marco Bertola , Vasek Chvatal , Alexander Shnirelman , Alina Stancu , Lea Popovic , Ibrahim Assem , Tomasz Kaczynski , Shiping Liu , Virginie Charette , Vasilisa Shramchenko , Bruno L. Rémillard , Yinannis Petridis , David Sankoff , Thomas Brüstle , Habib Benali , Nantel Bergeron , Simon Chauve , Francis Clarke , Richard Fournier , Martin Jakob Gander , Nadia Ghazzali , Alfred Michel Grundland , André Fortin , Louis-Paul Rivest , Christian Genest , François Bergeron , Steven P. Boyer , Line Baribeau , Frédéric Gourdeau , Robert Guénette , Claude Levesque , Pierre Mathieu , Thomas Joseph Ransford , Jean-Marie De Koninck , Javad Mashreghi , Thierry Duchesne , Srecko Brlek , André Joyal , Brenda MacGibbon , Christophe Reutenauer , Vestislav Apostolov , Olivier Collin , Steven Lu , Elisa Shahbazia Ohannessian

Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)

Programmes de subvention : PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques