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/ Department of Computer Science and Operations Research

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Nadia El-Mabrouk

Vcard

Professeure titulaire

Faculté des arts et des sciences - Département d'informatique et de recherche opérationnelle

André-Aisenstadt office 3163

nadia.el-mabrouk@umontreal.ca

514 343-7481

Courriels

mabrouk@iro.umontreal.ca (Travail)

Télécopieur : 514 343-5834

Affiliations

  • Membre – CRM — Centre de recherches mathématiques
  • Membre – Centre Robert-Cedergren de l’Université de Montréal

Areas of Expertise

Despite the remarkable unity of the basic components of the living world (DNA, RNA, the genetic code), we are probably still not aware of the diversity of genome structures nor of the diversity of means genomes use to evolve. In addition to local mutations affecting genome sequences, various global mutations also affect their overall gene order and content: rearrangements, horizontal gene transfer, hybridization, losses, duplications ranging from single genes to the whole genome.

By comparing complete or partial genomes it is possible to infer evolutionary scenarios for gene families, gene clusters or entire genomes, and to predict ancestral characteristics. This has important consequences, not only for documenting the evolutionary history of life on earth, but also for answering many fundamental biological questions regarding gene function, adaptation processes and variations on the genetic and physiological specificities of species. Each problem, each type of mutation (or set of mutations), has its own model and gives rise to specific algorithmic, combinatorial, statistical and mathematical developments. Our research projects are related to these computational biology aspects of comparative genomics.

Student supervision Expand all Collapse all

Méthodes et algorithmes pour l’amélioration de l’inférence de l’histoire évolutive des génomes Thèses et mémoires dirigés / 2019 - 2019
Graduate : Noutahi, Finagnon Marc-Rolland Emmanuel
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Évolution des génomes par mutations locales et globales : une approche d’alignement Thèses et mémoires dirigés / 2017 - 2017
Graduate : Benzaid, Billel
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Algorithmes de construction et correction d'arbres de gènes par la réconciliation Thèses et mémoires dirigés / 2016 - 2016
Graduate : Lafond, Manuel
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Étude de l’évolution des génomes par duplications, pertes et réarrangements Thèses et mémoires dirigés / 2014 - 2014
Graduate : Tremblay Savard, Olivier
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Évolution de familles de gènes par duplications et pertes : algorithmes pour la correction d’arbres bruités Thèses et mémoires dirigés / 2012 - 2012
Graduate : Doroftei, Andrea
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Algorithmes pour la reconstruction de génomes ancestraux Thèses et mémoires dirigés / 2012 - 2012
Graduate : Gagnon, Yves
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Approches algorithmiques pour l’inférence d’histoires de duplication en tandem avec inversions et délétions pour des familles multigéniques Thèses et mémoires dirigés / 2010 - 2010
Graduate : Lajoie, Mathieu
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Recherche de snoRNAs de type C/D dans le génome de S.cerevisiae en corrélation avec le signal de reconnaissance à l'enzyme RNT1p Thèses et mémoires dirigés / 2007 - 2007
Graduate : Christin, Sébastien
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.

Research projects Expand all Collapse all

An algorithmic framework for gene family evolution Projet de recherche au Canada / 2018 - 2024

Lead researcher : Nadia El-Mabrouk
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe

CENTRE DE RECHERCHES MATHEMATIQUES (CRM) Projet de recherche au Canada / 2015 - 2022

Lead researcher : Luc Vinet
Co-researchers : Pavel Winternitz , Alfred Michel Grundland , Christiane Rousseau , Sabin Lessard , François Perron , Sylvie Hamel , Marlène Frigon , Karim Jerbi , Jacques Bélair , François Lalonde , Robert Gwyn Owens , Gilles Brassard , Alain Vinet , Michel Delfour , Yvan Saint Aubin , Manuel Morales , Paul M Gauthier , Manu Paranjape , Véronique Hussin , Fahima Nekka , Yoshua Bengio , Pierre Duchesne , Jiri Patera , Nadia El-Mabrouk , Louis-Pierre Arguin , Andrew Granville , Iosif Polterovich , Octavian Cornea , Matilde Lalin , Dimitrios Koukoulopoulos , Maciej Augustyniak , Jun Li , William Witczak-Krempa , Gena Hahn , Mireille Schnitzer , Alexander Fribergh , Benjamin Seamone , Egor Shelukhin , Alejandro Murua , Mylène Bédard , Alain Tapp , Laurent Charlin , Hélène Cossette , Christian Genest , Frédéric Gourdeau , Claude Levesque , Étienne Marceau , Pierre Mathieu , Thomas Joseph Ransford , Louis-Paul Rivest , Jean-Marie De Koninck , Javad Mashreghi , Thierry Duchesne , Alexandre Bureau , M'Hamed Lajmi Lakhal Chaieb , José Manuel Urquiza , Hugo Chapdelaine , Michael Lau , Nicolas Doyon , Alexandre Girouard , Khader Khadraoui , Antonio Lei , Pengfei Guan , Xiaowen Chang , Prakash Panangaden , R Platt , Michael C. Mackey , John A Toth , Henri Darmon , Karl Peter Russell , Niky Kamran , Jacques Claude Hurtubise , Adrian Iovita , Peter Bartello , Eyal Goren , Dmitry Jakobson , Vojkan Jaksic , Daniel Tzvi Wise , Bruce Alan Reed , Anthony Raymond Humphries , Frederic Guichard , Russell Steele , Erik P. Cook , Robert Brandenberger , Adrian Vetta , Erica Moodie , Keshav Dasgupta , Christophe Grova , Bruce Shepherd , David Stephens , Gantumur Tsogtgerel , Johanna Neslehova , Jean-Christophe Nave , Johannes Walcher , Paul François , Hamed Hatami , Anmar Khadra , Adam M. Oberman , Michael Yves Michel Pichot , Frédéric Lesage , Jean-Marc Lina , Vladimir Makarenkov , Alexander Maloney , Dana Louigi Addario-Berry , André Fortin , André Garon , Dominique Pelletier , Vahid Partovi Nia , Éric P. Marchand , Debbie Janice Dupuis , Syed Ali , Yogendra Chaubey , Christopher Cummins , Chantal David , Eusebius Jacobus Doedel , José Garrido , Pawel Gora , Richard Hall , John P. Harnad , Hershy Kisilevsky , Galia Dafni , D. Korotkin , Xiaowen Zhou , Benoit Larose , Marco Bertola , Alexei Kokotov , Wei Sun , Cody Hyndman , Alina Stancu , Patrice Gaillardetz , Lea Popovic , André Dieter Bandrauk , Ibrahim Assem , Tomasz Kaczynski , Shiping Liu , Virginie Charette , Vasilisa Shramchenko , Maxime Descoteaux , Taoufik Bouezmani , Anne Bergeron , François Bergeron , Steven P. Boyer , Srecko Brlek , Sorana Froda , Christophe Reutenauer , Roger Villemaire , Jean-François Renaud , Vestislav Apostolov , Steven Lu , Pedro Peres-Neto , Christophe Hohlweg , Mathieu Boudreault , Geneviève Lefebvre , FRANCO SALIOLA , Alexandre Roch , Simon Guillotte , Frédéric Rochon , Karim Oualkacha , Mark Powell , Bruno L. Rémillard , Alexandre Blondin-Massé , Thomas Brüstle , Richard Fournier , Linan Chen , Clement Hyvrier , Payman Kassaei , Piotr Przytycki , Denis Talbot , Jean-François Coeurjolly , Frédéric Godin , Marcin Sabok , Yi Yang , Anne Mackay , Paramita Saha Chaudhuri , Jérôme Vétois , Ting-Huei Chen , Aurélie Labbe , Mélina Mailhot , Alexandra Schmidt , Simon Philippe Caron-Huot
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques

Prédiction automatique de modifications du code génétique et de l’ARN messager Projet de recherche au Canada / 2017 - 2021

Lead researcher : Nadia El-Mabrouk
Co-researchers : Franz Bernd Lang , Mathieu Blanchette
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)

EVOLUTION OF GENOME ORGANIZATION Projet de recherche au Canada / 2013 - 2019

Lead researcher : Nadia El-Mabrouk
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe

EVOLUTION DES GENES D'ARN DE TRANSFERT A L'ECHELLE GENOMIQUE Projet de recherche au Canada / 2013 - 2017

Lead researcher : Nadia El-Mabrouk
Co-researchers : Franz Bernd Lang , Mathieu Blanchette
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)

CENTRE DE RECHERCHES MATHEMATIQUES (CRM) Projet de recherche au Canada / 2008 - 2016

Lead researcher : Luc Vinet
Co-researchers : Pavel Winternitz , Christiane Rousseau , Sabin Lessard , François Perron , Sylvie Hamel , Gena Hahn , Marlène Frigon , Jacques Bélair , François Lalonde , Robert Gwyn Owens , Gilles Brassard , Michel Delfour , Yvan Saint Aubin , Manuel Morales , Jonathan Taylor , Paul M Gauthier , Manu Paranjape , Véronique Hussin , Fahima Nekka , Christian Léger , Jean-François Angers , Yoshua Bengio , Pierre Duchesne , Anne Bourlioux , Abraham Broer , Jiri Patera , Nadia El-Mabrouk , Andrew Granville , Iosif Polterovich , Octavian Cornea , Line Baribeau , Christian Genest , Frédéric Gourdeau , Robert Guénette , Claude Levesque , Pierre Mathieu , Thomas Joseph Ransford , Louis-Paul Rivest , Jean-Marie De Koninck , Javad Mashreghi , Thierry Duchesne , Pengfei Guan , David Avis , Michael C. Mackey , James Owen Ramsay , John A Toth , Sherwin A Maslowe , Henri Darmon , David B Wolfson , Karl Peter Russell , Olga Kharlampovich , Niky Kamran , Jacques Claude Hurtubise , Adrian Iovita , Peter Bartello , Eyal Goren , Dmitry Jakobson , Alain C. Vandal , Vojkan Jaksic , Daniel Tzvi Wise , Anthony Raymond Humphries , Alexei Miasnikov , Erica Moodie , Thomas Wihler , Robert Seiringer , Johannes Walcher , Frédéric Lesage , Jean-Marc Lina , André Fortin , André Garon , John Mullins , Éric P. Marchand , Debbie Janice Dupuis , Syed Ali , Yogendra Chaubey , Christopher Cummins , Chantal David , Pawel Gora , John P. Harnad , Hershy Kisilevsky , John McKay , Galia Dafni , D. Korotkin , Benoit Larose , Marco Bertola , Vasek Chvatal , Alexander Shnirelman , Alina Stancu , Lea Popovic , André Dieter Bandrauk , Ibrahim Assem , Tomasz Kaczynski , Shiping Liu , Virginie Charette , Vasilisa Shramchenko , Maxime Descoteaux , François Bergeron , Steven P. Boyer , Srecko Brlek , André Joyal , Brenda MacGibbon , Christophe Reutenauer , Vestislav Apostolov , Olivier Collin , Steven Lu , Bruno L. Rémillard , Elisa Shahbazia Ohannessian , Yinannis Petridis , David Sankoff , Thomas Brüstle , Habib Benali , Nantel Bergeron , Simon Chauve , Francis Clarke , Richard Fournier , Martin Jakob Gander , Nadia Ghazzali , Alfred Michel Grundland
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques

ALGORITHMS FOR THE INFERENCE OF GENE FAMILY EVOLUTION Projet de recherche au Canada / 2008 - 2012

Lead researcher : Nadia El-Mabrouk

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