L'objectif de ma recherche est le développement de méthodes efficaces en bioinformatique pour l'analyse de données à grande échelle. En particulier, mes intérêts comprennent la reconstruction phylogénétique, la cartographie physique, la modélisation de séquences et l’analyse de l’expression génétique.

Mes travaux de recherche se situent à l'interface entre l'informatique et les mathématiques avec des applications en biologie moléculaire. Plus particulièrement, je m'intéresse aux problèmes algorithmiques liés à l'analyse des données provenant du séquençage. Je m'intéresse plus particulièrement à la recherche efficace de mots et de motifs, au réarrangement de génomes et, plus récemment, au repliement de protéines en milieu aqueux. J'ai aussi des intérêts de recherche en informatique théorique, en combinatoire algébrique et en combinatoire des mots.