Bonjour à tous,

Vous êtes cordialement invité.e.s à la soutenance de thèse de Mattéo Delabre qui se tiendra le jeudi 30 juillet à 10h.

Title: Reconstruction de l’histoire évolutive de gènes en synténie

Date: Jeudi le 30 juillet 2026 à 10h00.

Salle: Pavillon André-Aisenstadt, 2920 Ch. de la Tour, au AA-1177

Jury

 Résumé:

Les gènes sont les véhicules de l’hérédité chez les êtres vivants. Au fil du temps et au gré de divers événements, ils peuvent évoluer en différents allèles et être disséminés à travers plusieurs espèces. La phylogénétique vise à retracer l’histoire de l’évolution d’unités telles que les gènes, les cellules ou les espèces. L’évolution d’un gène ne dépend pas seulement des événements qui l’affectent directement, mais également de l’évolution de son espèce hôte. Pour étudier ces relations évolutives, la méthode dite de réconciliation a été introduite. Lorsqu’un hôte est porteur de plusieurs familles d’unités dépendantes, leurs trajectoires évolutives deviennent interreliées. Plusieurs approches existent pour étendre la réconciliation à ce type de situation.

Cette thèse démontre qu’une telle approche de réconciliation multiple, appelée réconciliation segmentale, peut modéliser des événements évolutifs complexes, tels que des duplications segmentales ou des transferts horizontaux. Lors du développement de ce modèle, nous nous heurtons cependant à l’explosion combinatoire du nombre de solutions qui constituent l’espace des réconciliations possibles. Afin de garantir l’interprétabilité des résultats obtenus par ce modèle, un des objectifs de cette thèse est également de réaliser une analyse systématique de cet espace de solutions. Pour ce faire, nous adoptons une approche algébrique qui démontre que ce type de question peut être résolu de manière générique pour une grande variété de problèmes.