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/ Department of Computer Science and Operations Research

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François Major

Vcard

Professeur titulaire

Faculté des arts et des sciences - Département d'informatique et de recherche opérationnelle

Pavillon Marcelle-Coutu office 3306-11

francois.major@umontreal.ca

514 343-6752

Professeur accrédité

Faculté de médecine - Département de biochimie et médecine moléculaire

Télécopieur : 514 343-5834

Affiliations

  • Responsable – LBIT — Laboratoire de biologie informatique et théorique
  • Membre – IRIC — Institut de recherche en immunologie et en cancérologie de l’Université de Montréal
  • Membre – Centre Robert-Cedergren de l’Université de Montréal

Education Programs

  • Humanities Fundamental and Applied Sciences Environment and Sustainable Development
  • Fundamental and Applied Sciences Information and Communication Technologies
  • Fundamental and Applied Sciences Information and Communication Technologies
  • Fundamental and Applied Sciences Information and Communication Technologies
  • Fundamental and Applied Sciences
  • Fundamental and Applied Sciences
  • Fundamental and Applied Sciences
  • Fundamental and Applied Sciences
  • Fundamental and Applied Sciences
  • Fundamental and Applied Sciences
  • Arts and Music Literature and Languages Fundamental and Applied Sciences Social Sciences
  • Social Sciences Humanities
  • Fundamental and Applied Sciences Health Sciences Life Sciences
  • Fundamental and Applied Sciences Health Sciences Life Sciences
  • University Preparatory Programs
  • Information and Communication Technologies Fundamental and Applied Sciences
  • Fundamental and Applied Sciences Health Sciences Life Sciences

Courses

  • BIN6001 Algorithmes en bio-informatique moléculaire
  • IFT1025 Programmation 2
  • IFT2015 Structures de données
  • IFT6292 Bio-informatique moléculaire

Areas of Expertise

Student supervision Expand all Collapse all

Predicting biomolecular function from 3D dynamics : sequence-sensitive coarse-grained elastic network model coupled to machine learning Thèses et mémoires dirigés / 2023 - 2023
Graduate : Mailhot, Olivier
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Dissecting the effects of tumor microenvironment factors on cancer cells to reveal novel targets for multi-targeting RNA-based therapeutics Thèses et mémoires dirigés / 2023 - 2023
Graduate : Quenneville, Jordan
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
La reconnaissance automatique des brins complémentaires : leçons concernant les habiletés des algorithmes d'apprentissage automatique en repliement des acides ribonucléiques Thèses et mémoires dirigés / 2023 - 2023
Graduate : Chasles, Simon
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Comprendre la fonction cellulaire par l’analyse du transcriptome : une approche bio-informatique Thèses et mémoires dirigés / 2022 - 2022
Graduate : Mola, Saraï
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Modélisation des réseaux de régulation de l’expression des gènes par les microARN Thèses et mémoires dirigés / 2021 - 2021
Graduate : Poirier-Morency, Guillaume
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Caractérisation systématique des motifs de régulation en cis à l’échelle transcriptomique et liens avec la localisation des ARN Thèses et mémoires dirigés / 2020 - 2020
Graduate : Benoit Bouvrette, Louis Philip
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Nucleotide Complementarity Features in the Design of Effective Artificial miRNAs Thèses et mémoires dirigés / 2019 - 2019
Graduate : Yan, Yifei
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Prédiction et visualisation de la réactivité chimique des ARN. Proposition d’un modèle basé sur la réactivité : des cycles minimaux et des sous-structures composées de ces cycles. Thèses et mémoires dirigés / 2019 - 2019
Graduate : Malric, Philippe
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Étude de la signature dynamique de transcrits primaires impliquée dans la maturation des microARN Thèses et mémoires dirigés / 2017 - 2017
Graduate : Robitaille, Julie
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Unfolding RNA 3D structures for secondary structure prediction benchmarking Thèses et mémoires dirigés / 2017 - 2017
Graduate : C-Parent, Gabriel
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Identification de caractéristiques communes et rares dans les ARN structurés dans la base de données Rfam Thèses et mémoires dirigés / 2016 - 2016
Graduate : El Korbi, Amell
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Une signature du polymorphisme structural d’acides ribonucléiques non-codants permettant de comparer leurs niveaux d’activités biochimiques Thèses et mémoires dirigés / 2015 - 2015
Graduate : Dallaire, Paul
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Modélisation de réseaux d'interactions des microARN et analyse et validation expérimentale de leurs boucles minimales avec des facteurs de transcription Thèses et mémoires dirigés / 2013 - 2013
Graduate : Lisi, Véronique
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Quantification de la relation séquence-activité de l’ARN par prédiction de structure tridimensionnelle Thèses et mémoires dirigés / 2013 - 2013
Graduate : St-Onge, Karine
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Riboswitches : le cas des atténuateurs de la transcription du type terminateur/antiterminateur chez les bactéries Thèses et mémoires dirigés / 2012 - 2012
Graduate : Abella, Maria de los A.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Prédiction de boucles de régulation associant microARN et gènes régulés par le récepteur de l'acide rétinoïque dans le cancer du sein Thèses et mémoires dirigés / 2011 - 2011
Graduate : Boufaden, Asma
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Étude structurale conformationnelle des toxines de l’anthrax par cryo-microscopie et dynamique moléculaire Thèses et mémoires dirigés / 2011 - 2011
Graduate : Fabre, Lucien
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
A new paradigm for the folding of ribonucleic acids Thèses et mémoires dirigés / 2010 - 2010
Graduate : Parisien, Marc
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Prédiction structurale de biomolécules à l'aide d'une construction d'automates cellulaires simulant la dynamique moléculaire Thèses et mémoires dirigés / 2009 - 2009
Graduate : Caron, André
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Identification in silico d’éléments de réponse de récepteurs nucléaires impliqués dans le cancer du sein Thèses et mémoires dirigés / 2009 - 2009
Graduate : Laperrière, David
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Représentation et recherche de motifs cycliques et structuraux d’ARN connus dans les structures secondaires Thèses et mémoires dirigés / 2009 - 2009
Graduate : Louis-Jeune, Caroline
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Conception de microARNs pour attenuer l'expression de genes Thèses et mémoires dirigés / 2009 - 2009
Graduate : Caron, Maxime
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Analyse de motifs d'ARN Thèses et mémoires dirigés / 2008 - 2008
Graduate : Lavoie, Louis-Philippe
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Approche plurielle à l'étude de la structure tertiaire de l'ARN chez les virus Thèses et mémoires dirigés / 2007 - 2007
Graduate : Permal, Emmanuelle
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
MC-Map, un nouvel outil d'intégration de motifs Thèses et mémoires dirigés / 2007 - 2007
Graduate : St-Onge, Nicolas
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Un dictionnaire pour faciliter la recherche des gènes dans la littérature et sur Internet Thèses et mémoires dirigés / 2007 - 2007
Graduate : Halawani, Amine
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Les feuillets beta dans les protéines : annotation, comparaison et construction Thèses et mémoires dirigés / 2005 - 2005
Graduate : Parisien, Marc
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Prédiction des pré-miARN basée sur la conservation de structure dans les pri-miARN Thèses et mémoires dirigés / 2005 - 2005
Graduate : Tibiche, Chabane
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Analyse des données d'expression de gènes Thèses et mémoires dirigés / 2005 - 2005
Graduate : Paquet, Éric
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Prédiction de la structure commune aux ARN messagers codant pour la protéine STG Thèses et mémoires dirigés / 2005 - 2005
Graduate : Terbaoui, Ratiba
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Modélisation tridimensionnelle des ARN par exploration de l'espace conformationnel et satisfaction de contraintes Thèses et mémoires dirigés / 2004 - 2004
Graduate : Thibault, Philippe
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Recherche de motifs structuraux dans les complexes acides ribonucléiques/protéines Thèses et mémoires dirigés / 2003 - 2003
Graduate : Drapeau, Mathieu
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Sélection d'oligonucléotides pour la fabrication de biopuces d'ADN Thèses et mémoires dirigés / 2002 - 2002
Graduate : Dallaire, Paul
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Modélisation automatisée de la structure 3-D des ARNs Thèses et mémoires dirigés / 2002 - 2002
Graduate : Lemieux, Sébastien
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Un algorithme génétique pour l'arrimage moléculaire Thèses et mémoires dirigés / 2002 - 2002
Graduate : Levac, François
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Étude de la structure des ARNm et des protéines impliqués dans les maladies neurodégénératives à prion Thèses et mémoires dirigés / 2001 - 2001
Graduate : Barrette, Isabelle H.
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Définition d'une mesure de compatibilité séquence-structure dans les protéines à l'aide de modèles probabilistes graphiques et de réseaux de neurones artificiels Thèses et mémoires dirigés / 2001 - 2001
Graduate : St-Arnaud, Daniel
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Détection et analyse de motifs structuraux et fonctionnels dans les acides ribonucléiques Thèses et mémoires dirigés / 2000 - 2000
Graduate : Gendron, Patrick
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Étude des environnements de microsimulation économique avec agents partiellement rationnels Thèses et mémoires dirigés / 1999 - 1999
Graduate : Trussart, Vincent
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Modélisation des boucles dans les protéines Thèses et mémoires dirigés / 1999 - 1999
Graduate : Lefebvre, Sébastien
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Modélisation de la structure 3-D des ARN par satisfaction de contraintes Thèses et mémoires dirigés / 1999 - 1999
Graduate : Lemieux, Sébastien
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Phylogénétique basée sur les cassures du génome Thèses et mémoires dirigés / 1998 - 1998
Graduate : Blanchette, Mathieu
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Propriétés relationnelles tridimensionnelles des structures d'acides nucléiques Thèses et mémoires dirigés / 1998 - 1998
Graduate : Ftouhi, Abdelmjid
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.

Research projects Expand all Collapse all

Computational analysis and modeling of ribonucleic acid structure, function, and dynamics Projet de recherche au Canada / 2020 - 2027

Lead researcher : François Major
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe

CECR_IRICoR_Integration of Multiple Algorithms into a Service Platform for Accurate and Precise Design and Structure Prediction of Coding and Non-Coding RNA Sequences Projet de recherche au Canada / 2023 - 2025

Co-researchers : François Major
Funding sources: Secrétariat Inter-Conseil et Réseaux des centres d'excellence (RCE)
Grant programs:

COMPUTATIONAL ANALYSIS AND MODELING OF NONCODING RIBONUCLEIC ACID STRUCTURE AND FUNCTION Projet de recherche au Canada / 2014 - 2022

Lead researcher : François Major
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe

Supplément COVID-19 CRSNG_Computational analysis and modeling of ribonucleic acid structure, function, and dynamics Projet de recherche au Canada / 2020 - 2021

Lead researcher : François Major
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVXXXXXX-Supplément à l’appui des étudiants, des stagiaires postdoctoraux et du personnel de soutien à la recherche COVID-19

Identifier le talon d’Achille du SARS-CoV-2 Projet de recherche au Canada / 2020 - 2021

Lead researcher : François Major
Funding sources: SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs: PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Projet de recherche

Computation of cell-specific microRNA: Mrna rgulatory networks enables the design of efficient RNAi-based therapeutics Projet de recherche au Canada / 2016 - 2021

Lead researcher : François Major
Co-researchers : Thomas Duchaine
Funding sources: Génome Canada , IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech. , PVXX5647-(MOP) Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques (général)

UNE APPROCHE CHIMIO- ET PROTEO-GENOMIQUE EN MEDECINE PERSONNALISEE POUR LA LEUCEMIE MYELOIDE AIGUE Projet de recherche au Canada / 2015 - 2020

Programme de bourse d'été et d'initiation à la recherche au premier cycle IVADO. Candidat: Jorge Luis Flores / Discoverning the RNA structural determinants of the RNA-binding proteins Projet de recherche au Canada / 2018 - 2018

Lead researcher : François Major
Funding sources: SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs: PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Bourse

Deciphering and targeting the gene interaction networks that shape cancer cells Projet de recherche au Canada / 2015 - 2018

Lead researcher : François Major
Co-researchers : Étienne Gagnon
Funding sources: SRC/Société de recherche sur le cancer
Grant programs: PVX12154-Subvention de fonctionnement

RÉSEAU FRANCO-QUÉBÉCOIS DE RECHERCHE SUR L'ARN Projet de recherche au Canada / 2013 - 2016

Lead researcher : Jérôme Waldispuhl
Co-researchers : François Major , Éric Lécuyer
Funding sources: Centre/Coop.Interuni.Franco-Québéc/Fra
Grant programs:

COMPUTATIONAL PREDICTION OF RNA 3D STRUCTURE USING LOW RESOLUTION DATA AND A NEW RNA FOLDING ALGORITHM Projet de recherche au Canada / 2010 - 2016

Lead researcher : François Major
Funding sources: NIH/National Institutes of Health (NIH)
Grant programs:

METHODES INFORMATIQUE POUR PREDIRE LES MUTATIONS MODIFIANT LA STRUCTURE TERTIAIRE DES ARNS Projet de recherche au Canada / 2011 - 2015

Lead researcher : Jérôme Waldispuhl
Co-researchers : François Major
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)

COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL STUDIES OF GENE SILENCING MECHANISMS Projet de recherche au Canada / 2009 - 2015

Lead researcher : François Major
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXX5647-(MOP) Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques (général)

COMPUTERIZED ANALYSIS AND PREDICTION OF RNA STRUCTURE AND FUNCTION Projet de recherche au Canada / 1997 - 2015

Lead researcher : François Major
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe

METHODES INFORMATIQUES POUR PREDIRE LES MUTATIONS MODIFIANT LA STRUCTURE TERTIAIRE DES ARNS Projet de recherche au Canada / 2011 - 2014

Lead researcher : Jérôme Waldispuhl
Co-researchers : François Major
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)

COMPUTERIZED ANALYSIS AND PREDICTION OF RNA STRUCTURE AND FUNCTION Projet de recherche au Canada / 2009 - 2013

Lead researcher : François Major

RNA FOLDING AS A MEDIATOR OF STRESS RESPONSE IN PLANTS Projet de recherche au Canada / 2009 - 2013

Lead researcher : François Major
Funding sources: International Human Frontier Science Program Organisation
Grant programs:

COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL STUDIES OF GENE SILENCING MECHANISMS Projet de recherche au Canada / 2008 - 2013

Lead researcher : François Major

DEVELOPING AND TESTING SMALL RNA-BASED MULTIPLE-TARGET GENE THERAPIES AGAINST CANCER AND AIDS Projet de recherche au Canada / 2009 - 2012

Lead researcher : François Major

TECHNOLOGICAL ADVANCES IN RNA THERAPY SYMPOSIUM Projet de recherche au Canada / 2011 - 2011

Lead researcher : François Major

Recognition and Awards

  • Prix Urgel-Archambault, Association francophone pour le savoir (Acfas), 2010.

Media

François Major est chercheur principal à l'IRIC

ARN, sport et rock'n roll

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