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Sébastien Lemieux

Vcard

Professeur associé

Faculté des arts et des sciences - Département d'informatique et de recherche opérationnelle

Professeur sous octroi agrégé

Faculté de médecine - Département de biochimie et médecine moléculaire

Pavillon Jean Coutu local 3306-9

s.lemieux@umontreal.ca

Travail 1 : 514 343-6111 #0635

Microbiologie (B.Sc.)
1998 , Informatique, Microbiologie , Université de Montréal (Canada)

Informatique (M.Sc.)
1999 , Informatique, Bio-informatique , Université de Montréal (Canada)

Informatique (Ph.D.)
2002 , Informatique, Bio-informatique , Université de Montréal (Canada)

Affiliations

  • Membre – IRIC — Institut de recherche en immunologie et en cancérologie de l’Université de Montréal

Programmes d’enseignement

  • Baccalauréat en bio-informatique – Sciences pures et sciences appliquées Sciences de la santé Sciences de la vie

Cours donnés

  • BCM2003 Application d'outils bio-informatiques
  • BIN6010 Bio-informatique des données

Expertises

  • Bioinformatique
  • Micropuces d'ADN et d'ARN
  • Protéomique
  • Cancer du sang
  • Génome
  • Bases de données informatiques
  • Fouille de données (Data mining)
  • Chromosomes: structure / organisation

Au cours des dernières décennies, la biologie moléculaire a connu une augmentation constante de la quantité d’observations qui peuvent être faites en une seule expérience. Aujourd’hui, des génomes humains complets sont séquencés en quelques jours sur un seul appareil, une situation qui a été comparé à un tsunami de données sur la communauté scientifique. Cette évolution technologique passionnante a créé une barrière fortuite: la conversion des données brutes en connaissances n’est plus une tâche à la portée d’un chercheur humain. La bio-informatique est le domaine qui s’est développé pour combler cette lacune, créant essentiellement des « instruments » virtuels qui condensent des données brutes en formes résumées, qui se prêtent davantage à la découverte de connaissances.

Encadrement Tout déplier Tout replier

Étude de la relation entre structure, dynamique et fonction de l’ARN par l’ingénierie du ribozyme VS de Neurospora Thèses et mémoires dirigés / 2019 - 2019
Diplômé(e) : Girard, Nicolas
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
L’usage des codons régule la présentation des peptides associés aux molécules du CMH-I Thèses et mémoires dirigés / 2019 - 2019
Diplômé(e) : Daouda, Tariq
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Méthodologie pour l’analyse de données de criblage : application à l'étude de la leucémie myéloïde aiguë Thèses et mémoires dirigés / 2018 - 2018
Diplômé(e) : Labelle, Caroline
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Étude des signatures géniques dans un contexte d’expériences de RNA- Seq Thèses et mémoires dirigés / 2018 - 2018
Diplômé(e) : Trofimov, Assya
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
A robust algorithm for segmenting fluorescence images and its application to single-molecule counting Thèses et mémoires dirigés / 2015 - 2015
Diplômé(e) : Boisvert, Jacques
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Identification de nouveaux substrats des kinases Erk1/2 par une approche bio-informatique, pharmacologique et phosphoprotéomique Thèses et mémoires dirigés / 2012 - 2012
Diplômé(e) : Courcelles, Mathieu
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Comparaison des méthodes d'analyse de l'expression différentielle basée sur la dépendance des niveaux d'expression Thèses et mémoires dirigés / 2011 - 2011
Diplômé(e) : Lefebvre, François
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Approches transcriptomiques dans l’étude de la fibrose kystique Thèses et mémoires dirigés / 2010 - 2010
Diplômé(e) : Voisin, Gregory
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Annotation des ARN non codants du génome de Candida albicans par méthode bioinformatique Thèses et mémoires dirigés / 2009 - 2009
Diplômé(e) : Scott-Boyer, Marie Pier
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

Projets de recherche Tout déplier Tout replier

Precision therapeutic vaccines against lung cancer Projet de recherche au Canada / 2018 - 2024

Chercheur principal : Claude Perreault
Co-chercheurs : Pierre Thibault , Denis-Claude Roy , Sébastien Lemieux
Sources de financement : IRSCC/Institut de recherche de la Société canadienne du cancer
Programmes de subvention : PVXXXXX-Subventions pour un impact

Interrogating and implementing Omics for precision medicine in Acute Myeloid Leukemia Projet de recherche au Canada / 2019 - 2023

Chercheur principal : Guy Sauvageau
Co-chercheurs : Anne Marinier , Sébastien Lemieux , Philippe P. Roux
Sources de financement : BMS/Bristol-Myers Squibb
Programmes de subvention :

Interrogating and implementing Omics for precision medicine in Acute Myeloid Leukemia. Projet de recherche au Canada / 2017 - 2023

Chercheur principal : Guy Sauvageau , Frédéric Barabé
Co-chercheurs : Anne Marinier , Sébastien Lemieux , Josée Hébert , Philippe P. Roux , Vincent-Philippe Lavallée , Frédéric Barabé , Ma'n Hilmi Mohammad Zawati
Sources de financement : Génome Québec , Génome Canada , BMS/Bristol-Myers Squibb
Programmes de subvention : , PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech. ,

Mechanisms controlling estrogen receptor alpha expression and activity in breast tumorigenesis Projet de recherche au Canada / 2017 - 2023

Chercheur principal : Sylvie Mader
Co-chercheurs : Sébastien Lemieux
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet

Apogée Canada fonds d'excellence en recherche / Bourse d'excellence IVADO à la maitrise Thomas MacDougall Projet de recherche au Canada / 2019 - 2022

Chercheur principal : Sébastien Lemieux
Sources de financement : SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Bourse

Interrogating and implementing Omics for precision medicine in Acute Myeloid Leukemia Projet de recherche à l’international / 2018 - 2022

Chercheur principal : Josée Hébert , Guy Sauvageau
Co-chercheurs : Frédéric Barabé , Sébastien Lemieux , Anne Marinier , Philippe P. Roux , Ma'n Hilmi Mohammad Zawati
Sources de financement : Génome Canada , Génome Québec
Programmes de subvention : ,

Développement de vaccins thérapeutiques contre les leucémies aigues myéloides et lymphoides / Oncopole Projet de recherche au Canada / 2018 - 2021

Chercheur principal : Claude Perreault
Co-chercheurs : Pierre Thibault , Jean-Sébastien Delisle , Sébastien Lemieux , Michel Tremblay , Xavier Roucou , HMR Transfert
Sources de financement : CQDM/Consortium québécois sur la découverte du médicament , FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Programmes de subvention : , PVXXXXXX-Oncopole EMC2 (Équipes multidisciplinaires contre le cancer)

Établissement d'un pipeline de criblage chimiogénomique pour les leucémies pédiatriques à haut risque Projet de recherche au Canada / 2018 - 2021

Chercheur principal : Brian Wilhelm
Co-chercheurs : Michael David Tyers , Anne Marinier , Sébastien Lemieux , Guy Sauvageau , Sonia Cellot , Josée Hébert , Frédéric Barabé , Kolja Eppert
Sources de financement : IRICoR
Programmes de subvention : PV143493-(RCE) Réseaux de centres d'excellence

Établissement d'un pipeline de criblage chimiogénomique pour les leucémies pédiatriques à haut risque Projet de recherche au Canada / 2018 - 2021

Chercheur principal : Brian Wilhelm
Co-chercheurs : Michael David Tyers , Anne Marinier , Sébastien Lemieux , Guy Sauvageau , Sonia Cellot , Josée Hébert , Frédéric Barabé , Kolja Eppert
Sources de financement : FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Oncopole EMC2 (Équipes multidisciplinaires contre le cancer)

Deep learning for precision medicine by joint analysis of gene expression profiles measured through RNA-Seq and microarrays Projet de recherche au Canada / 2018 - 2020

Chercheur principal : Sébastien Lemieux
Co-chercheurs : Yoshua Bengio , Guy Sauvageau
Sources de financement : SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements , Génome Québec
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Projet de recherche ,

Programme de fonds de démarrage et d'opération pour professeur IVADO - Fonds de d'opération - Sébastien Lemieux Projet de recherche au Canada / 2018 - 2020

Chercheur principal : Sébastien Lemieux
Sources de financement : SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Fonds démarrage et opération

Matching MHC 1-associated peptide spectra to sequencing reads using deep neural networks Projet de recherche au Canada / 2018 - 2020

Chercheur principal : Pierre Thibault
Co-chercheurs : Sébastien Lemieux , Claude Perreault , Yoshua Bengio
Sources de financement : SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements , Génome Québec
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Projet de recherche ,

Expansion of human cord blood hematopoietic stem cells with UM171 in a fed-batch culture system. Projet de recherche au Canada / 2015 - 2020

Chercheur principal : Sandra Cohen
Co-chercheurs : Claude Perreault , Sébastien Lemieux , Guy Sauvageau , Denis A. Roy , Silvy Lachance , Jean Roy , Frédéric Barabé , Keith Humphries , Connie Eaves , Peter Zandstra , Donna Hogge
Sources de financement : IRSCC/Institut de recherche de la Société canadienne du cancer
Programmes de subvention :

Programme de fonds de démarrage et d'opération pour professeure IVADO - Compte pour le fonds de démarrage - Sébastien Lemieux Projet de recherche au Canada / 2018 - 2019

Chercheur principal : Sébastien Lemieux
Sources de financement : SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Fonds démarrage et opération

UNE APPROCHE CHIMIO- ET PROTEO-GENOMIQUE EN MEDECINE PERSONNALISEE POUR LA LEUCEMIE MYELOIDE AIGUE Projet de recherche au Canada / 2015 - 2019

The canadian National Transplant Research Program : Increasing donation and improving transplantation outcomes Projet de recherche au Canada / 2016 - 2018

Chercheur principal : Lori J. West
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Partenariats nationaux - IRSC/FRQS transplantation

CLINICAL APPLICATION OF A NOVEL MOLECULE THAT EXPANDS HUMAN CORD BLOOD STEM CELLS Projet de recherche au Canada / 2015 - 2018

Chercheur principal : Jean Roy
Co-chercheurs : Claude Perreault , Sébastien Lemieux , Guy Sauvageau , Sandra Cohen , Silvy Lachance , Denis-Claude Roy , Frédéric Barabé , Keith Humphries , Connie Eaves , Peter Zandstra , Donna Hogge
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXX5647-Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques

Gene regulatory networks controlling mammary epithelial cell differentiation Projet de recherche au Canada / 2015 - 2018

Chercheur principal : Sylvie Mader
Co-chercheurs : Louis Gaboury , Sébastien Lemieux
Sources de financement : IRSCC/Institut de recherche de la Société canadienne du cancer
Programmes de subvention : PV132873-Subventions pour l'innovation

PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY PROGRAM Projet de recherche au Canada / 2014 - 2018

Co-chercheurs : Pierre Thibault , Sébastien Lemieux , Claude Perreault
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(GPH) Financement en médecine personnalisée

PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY PROGRAM Projet de recherche au Canada / 2014 - 2018

Co-chercheurs : Pierre Thibault , Sébastien Lemieux , Claude Perreault
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(GPH) Financement en médecine personnalisée

PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY Projet de recherche au Canada / 2013 - 2018

Co-chercheurs : Sébastien Lemieux , Pierre Thibault , Claude Perreault
Sources de financement : Génome Québec
Programmes de subvention :

Development of Tissue-Based Biomarker Panels for Breast Cancer Treatment. Projet de recherche au Canada / 2016 - 2017

Chercheur principal : Sylvie Mader
Co-chercheurs : Sébastien Lemieux
Sources de financement : MITACS Inc. , Ministère Économie et Innovation
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Stage Accélération Québec - MITACS , PVXXXXXX-Prog. soutien rech (PSR v1B): Soutien à des projets rech. (Mitacs)

PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY Projet de recherche au Canada / 2013 - 2017

Chercheur principal : Pierre Thibault
Co-chercheurs : Claude Perreault , Sébastien Lemieux
Sources de financement : Génome Québec , Génome Québec
Programmes de subvention : ,

INNOVATIVE CHEMOGENOMIC TOOLS TO IMPROVE OUTCOME IN IN ACUTE MYELOID LEUKEMIA Projet de recherche au Canada / 2013 - 2017

Chercheur principal : Guy Sauvageau
Co-chercheurs : Michel Bouvier , Alejandro Murua , Anne Marinier , Brian Wilhelm , Sébastien Lemieux , Josée Hébert , Frédéric Barabé , Yann Joly , Ma'n Hilmi Mohammad Zawati , Denise Avard
Sources de financement : Génome Québec
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.

INNOVATIVE CHEMOGENOMIC TOOLS TO IMPROVE OUTCOME IN ACUTE MYELOID LEUKEMIA Projet de recherche au Canada / 2013 - 2017

Chercheur principal : Guy Sauvageau
Co-chercheurs : Michel Bouvier , Alejandro Murua , Anne Marinier , Brian Wilhelm , Sébastien Lemieux , Josée Hébert , Frédéric Barabé , Yann Joly , Ma'n Hilmi Mohammad Zawati , Denise Avard
Sources de financement : Génome Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.

INNOVATIVE CHEMOGENOMIC TOOLS TO IMPROVE OUTCOME IN ACUTE MYELOID LEUKEMIA Projet de recherche au Canada / 2013 - 2017

Chercheur principal : Josée Hébert , Guy Sauvageau
Co-chercheurs : Yann Joly , Denise Avard , Alejandro Murua , Brian Wilhelm , Ma'n Hilmi Mohammad Zawati , Anne Marinier , Frédéric Barabé , Sébastien Lemieux , Michel Bouvier
Sources de financement : Génome Canada , Génome Québec
Programmes de subvention : ,

Development of Tissue-Based Biomarkers Panels for Breast Cancer Treatment. Projet de recherche au Canada / 2016 - 2016

Chercheur principal : Sylvie Mader
Co-chercheurs : Sébastien Lemieux

LE PROJET LEUCEGENE : SEQUENCAGE DU TRANSCRIPTOME POUR L'IDENTIFICATION DE NOUVEAUX MARQUEURS PRONOSTIQUES ET CIBLES THERAPEUTIQUES DANS LA LEUCEMIE MYELOIDE AIGUE Projet de recherche au Canada / 2010 - 2013

Chercheur principal : Guy Sauvageau
Co-chercheurs : Michel Bouvier , Brian Wilhelm , Sébastien Lemieux , Josée Hébert , Frédéric Barabé , Denise Avard
Sources de financement : Génome Québec
Programmes de subvention :

GENE INTERDEPENDENCE IN MICROARRAY DATA ANALYSIS Projet de recherche au Canada / 2008 - 2012

Chercheur principal : Sébastien Lemieux

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