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/ Département d'informatique et de recherche opérationnelle

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Sylvie Hamel

Vcard
Directrice de département

Faculté des arts et des sciences - Département d'informatique et de recherche opérationnelle

Professeure titulaire

Faculté des arts et des sciences - Département d'informatique et de recherche opérationnelle

André-Aisenstadt local 3161

sylvie.hamel@umontreal.ca

514 343-6111 #3504

Courriels

hamelsyl@iro.umontreal.ca (Travail)

Web : ResearchGate

Web : Autre site web

Affiliations

  • Responsable – LBIT — Laboratoire de biologie informatique et théorique
  • Membre – CRM — Centre de recherches mathématiques

Programmes d’enseignement

  • Baccalauréat en chimie – Sciences pures et sciences appliquées Sciences de la vie Environnement et développement durable
  • Baccalauréat en bio-informatique – Sciences pures et sciences appliquées Sciences de la santé Sciences de la vie
  • Baccalauréat en bio-informatique – Sciences pures et sciences appliquées Sciences de la santé Sciences de la vie
  • Doctorat en biochimie – Sciences pures et sciences appliquées Sciences de la santé Sciences de la vie
  • Doctorat en bio-informatique – Sciences pures et sciences appliquées Sciences de la santé Sciences de la vie

Cours donnés

  • BCM70521 Communication scientifique avancée 2.1
  • BCM70522 Communication scientifique avancée 2.2
  • BIN1002 Intégration biosciences et informatique
  • BIN70061 Communication scientifique avancée 3.1
  • BIN70062 Communication scientifique avancée 3.2

Expertises

Mes travaux de recherche se situent à l'interface entre l'informatique et les mathématiques avec des applications en biologie moléculaire. Plus particulièrement, je m'intéresse aux problèmes algorithmiques liés à l'analyse des données provenant du séquençage. Je m'intéresse plus particulièrement à la recherche efficace de mots et de motifs, au réarrangement de génomes et, plus récemment, au repliement de protéines en milieu aqueux. J'ai aussi des intérêts de recherche en informatique théorique, en combinatoire algébrique et en combinatoire des mots.

Encadrement Tout déplier Tout replier

Combinaison de différents scores génétiques pour mieux évaluer l’impact des CNV sur la cognition Thèses et mémoires dirigés / 2022 - 2022
Diplômé(e) : Diop, Mame Seynabou
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

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Étude combinatoire et algorithmique de la médiane de permutations sous la distance de Kendall-Tau Thèses et mémoires dirigés / 2019 - 2019
Diplômé(e) : Desharnais, Charles
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

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Étude algorithmique et combinatoire de la méthode de Kemeny-Young et du consensus de classements Thèses et mémoires dirigés / 2019 - 2019
Diplômé(e) : Milosz, Robin
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.

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Étude de la médiane de permutations sous la distance de Kendall-Tau Thèses et mémoires dirigés / 2016 - 2016
Diplômé(e) : Milosz, Robin
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

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Analysing artefacts dependencies to evolving software systems Thèses et mémoires dirigés / 2014 - 2014
Diplômé(e) : Jaafar, Fehmi
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.

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Evaluating Design Decay during Software Evolution Thèses et mémoires dirigés / 2013 - 2013
Diplômé(e) : Hassaine, Salima
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.

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Quantification de la relation séquence-activité de l’ARN par prédiction de structure tridimensionnelle Thèses et mémoires dirigés / 2013 - 2013
Diplômé(e) : St-Onge, Karine
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.

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Modeling protein evolution using secondary structures Thèses et mémoires dirigés / 2011 - 2011
Diplômé(e) : Mohaddes, Zia
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

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Analyse de la corrélation conditionnelle dérivée de la coévolution d’un système de trois gènes par un modèle du maximum de vraisemblance Thèses et mémoires dirigés / 2011 - 2011
Diplômé(e) : Benoit Bouvrette, Louis Philip
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

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Algorithmes pour la réconciliation d’un arbre de gènes avec un arbre d’espèces Thèses et mémoires dirigés / 2010 - 2010
Diplômé(e) : Doyon, Jean-Philippe
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.

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Helix Explorer : une nouvelle base de données de structures de protéines Thèses et mémoires dirigés / 2007 - 2007
Diplômé(e) : Tikah Marrakchi, Mohamed
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

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De nouveaux algorithmes de tri par transpositions Thèses et mémoires dirigés / 2007 - 2007
Diplômé(e) : Benoît-Gagné, Maxime
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

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Parcours de parents immigrants dont le fils a fait l'expérience d'un gang de rue et d'une institutionnalisation : vécu familial bouleversé Thèses et mémoires dirigés / 2007 - 2007
Diplômé(e) : Brisebois, René-André
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

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Algorithme de comparaison de structures secondaires d'ARN Thèses et mémoires dirigés / 2006 - 2006
Diplômé(e) : Guignon, Valentin
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

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L'intervention face au phénomène des gangs : l'exemple du Centre jeunesse de Montréal - Institut universitaire Thèses et mémoires dirigés / 2006 - 2006
Diplômé(e) : Razik, Noureddine
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

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Application d'algorithmes de bio-informatique à la recherche de patrons de conception Thèses et mémoires dirigés / 2006 - 2006
Diplômé(e) : Kaczor, Olivier
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

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Projets de recherche Tout déplier Tout replier

Centre de recherches mathématiques (CRM) Projet de recherche au Canada / 2022 - 2029

Chercheur principal : Octavian Cornea
Co-chercheurs : Yoshua Bengio , François Lalonde , Gilles Brassard , Michel Delfour , Marlène Frigon , Véronique Hussin , Christiane Rousseau , Jacques Bélair , Paul M Gauthier , Sabin Lessard , Alain Vinet , Nadia El-Mabrouk , Gena Hahn , Christian Léger , Fahima Nekka , Iosif Polterovich , Yvan Saint Aubin , Andrew Granville , Sylvie Hamel , Manuel Morales , François Perron , Mylène Bédard , Pierre Duchesne , Matilde Lalin , Robert Gwyn Owens , Manu Paranjape , Dana Schlomiuk , Luc Vinet , Mireille Schnitzer , Karim Jerbi , Alexander Fribergh , Alejandro Murua , Maciej Augustyniak , Benoît Mâsse , Dimitrios Koukoulopoulos , Jun Li , Benjamin Seamone , William Witczak-Krempa , Egor Shelukhin , Morgan Craig , Guillaume Lajoie , Margarida Carvalho , Guy Wolf , Florian Maire , Frédéric Dupont-Dupuis , Michael C. Mackey , Frédéric Lesage , Russell Steele , Erica Moodie , Paul François , Henri Darmon , Maxime Descoteaux , Prakash Panangaden , André Dieter Bandrauk , Peter Bartello , Chantal David , Jean-Marc Lina , Anthony Raymond Humphries , John P. Harnad , Jacques Claude Hurtubise , Pengfei Guan , John A Toth , Niky Kamran , Adrian Iovita , Eyal Goren , Dmitry Jakobson , Vojkan Jaksic , Daniel Tzvi Wise , André Garon , Éric P. Marchand , Debbie Janice Dupuis , Yogendra Chaubey , Pawel Gora , Hershy Kisilevsky , Galia Dafni , D. Korotkin , Marco Bertola , Alina Stancu , Lea Popovic , Ibrahim Assem , Tomasz Kaczynski , Shiping Liu , Vasilisa Shramchenko , Bruno L. Rémillard , Richard Fournier , Alfred Michel Grundland , David Stephens , Xiaowen Chang , Frederic Guichard , Erik P. Cook , Robert Brandenberger , Adrian Vetta , Keshav Dasgupta , Christophe Grova , Gantumur Tsogtgerel , Johanna Neslehova , Jean-Christophe Nave , Anmar Khadra , Adam M. Oberman , Michael Yves Michel Pichot , Alexander Maloney , Dana Louigi Addario-Berry , José Garrido , Alexei Kokotov , Wei Sun , Patrice Gaillardetz , Linan Chen , Piotr Przytycki , Vladimir Makarenkov , Louis-Paul Rivest , François Bergeron , Steven P. Boyer , Line Baribeau , Frédéric Gourdeau , Claude Levesque , Thomas Joseph Ransford , Jean-Marie De Koninck , Javad Mashreghi , Thierry Duchesne , Srecko Brlek , Christophe Reutenauer , Vestislav Apostolov , Steven Lu , Geneviève Lefebvre , Hélène Cossette , Étienne Marceau , José Manuel Urquiza , Hugo Chapdelaine , Michael Lau , Alexandre Girouard , Antonio Lei , Jean-François Renaud , Christophe Hohlweg , Mathieu Boudreault , FRANCO SALIOLA , Alexandre Roch , Frédéric Rochon , Alexandre Blondin-Massé , Clement Hyvrier , Denis Talbot , Alexandre Bureau , Fabrice Larribe , Aurélie Labbe , Cody Hyndman , Khader Khadraoui , Hamed Hatami , Roger Villemaire , Frédéric Godin , Marcin Sabok , Yi Yang , Anne Mackay , Jérôme Vétois , Ting-Huei Chen , Habib Benali , Taoufik Bouezmani , Christian Genest , Xiaowen Zhou , Sorana Froda , Mélina Mailhot , Alexandra Schmidt , Simon Philippe Caron-Huot , Abdoulaye Banire Diallo , Jean-Philippe Lessard , Sarah Harrison , Anne-Sophie Charest , Masoud Asgharian-Dastenael , Rustum Choksi , Abbas Khalili Mahmoudabadi , Simon Gravel , Arusharka Sen , Arthur Charpentier , Mathieu Pigeon , Benoit Larose , Thomas Brüstle , Laurent Charlin , Janosch Ortmann , Tim Hoheisel , Jean Deteix , Jessica Lin , Michael Lipnowski , Giovanni Rosso , Thomas Hugh , Jean-Philippe Burelle , Julien Keller , Félix Camirand Lemyre , Marie-Pier Côté , Damir Kinzebulatov , Duncan McCoy , Klaus Herrmann , Felix Kwok , Courtney Paquette , Anush Tserunyan , Suresh Krishna , Valentino Tosatti , Patrick Brodie Allen , Behrooz Yousefzadeh , Marc-Hubert Nicole , Rober Platt
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques

Algorithmic and combinatorial problems inspired by comparative genomics. Projet de recherche au Canada / 2016 - 2024

Chercheur principal : Sylvie Hamel
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe

FGR CRSNG en lien avec RN000686 Projet de recherche au Canada / 2021 - 2023

Chercheur principal : Sylvie Hamel
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-FGR - Subvention de recherche institutionnelle

CENTRE DE RECHERCHES MATHEMATIQUES (CRM) Projet de recherche au Canada / 2015 - 2023

Chercheur principal : Luc Vinet , Octavian Cornea
Co-chercheurs : Yoshua Bengio , François Lalonde , Gilles Brassard , Michel Delfour , Marlène Frigon , Véronique Hussin , Christiane Rousseau , Pavel Winternitz , Jacques Bélair , Paul M Gauthier , Sabin Lessard , Alain Vinet , Nadia El-Mabrouk , Fahima Nekka , Jiri Patera , Iosif Polterovich , Yvan Saint Aubin , Andrew Granville , Sylvie Hamel , Manuel Morales , François Perron , Pierre Duchesne , Matilde Lalin , Robert Gwyn Owens , Manu Paranjape , Alfred Michel Grundland , Mireille Schnitzer , Karim Jerbi , Alexander Fribergh , Alejandro Murua , Maciej Augustyniak , Louis-Pierre Arguin , Dimitrios Koukoulopoulos , Jun Li , Benjamin Seamone , William Witczak-Krempa , Laurent Charlin , Dominique Pelletier , Michael C. Mackey , Frédéric Lesage , Russell Steele , Erica Moodie , Paul François , Henri Darmon , Maxime Descoteaux , Prakash Panangaden , André Dieter Bandrauk , Peter Bartello , Chantal David , Jean-Marc Lina , Johannes Walcher , Anthony Raymond Humphries , John P. Harnad , Jacques Claude Hurtubise , Pengfei Guan , John A Toth , Karl Peter Russell , Niky Kamran , Adrian Iovita , Eyal Goren , Dmitry Jakobson , Vojkan Jaksic , Daniel Tzvi Wise , André Garon , Éric P. Marchand , Debbie Janice Dupuis , Syed Ali , Yogendra Chaubey , Christopher Cummins , Pawel Gora , Hershy Kisilevsky , Galia Dafni , D. Korotkin , Benoit Larose , Marco Bertola , Alina Stancu , Lea Popovic , Ibrahim Assem , Tomasz Kaczynski , Shiping Liu , Virginie Charette , Vasilisa Shramchenko , Bruno L. Rémillard , Thomas Brüstle , Richard Fournier , David Stephens , Xiaowen Chang , Frederic Guichard , Erik P. Cook , Robert Brandenberger , Adrian Vetta , Keshav Dasgupta , Christophe Grova , Bruce Shepherd , Gantumur Tsogtgerel , Johanna Neslehova , Jean-Christophe Nave , Anmar Khadra , Adam M. Oberman , Michael Yves Michel Pichot , Alexander Maloney , Dana Louigi Addario-Berry , Eusebius Jacobus Doedel , José Garrido , Richard Hall , Alexei Kokotov , Wei Sun , Patrice Gaillardetz , Linan Chen , Payman Kassaei , Piotr Przytycki , André Fortin , Louis-Paul Rivest , François Bergeron , Steven P. Boyer , Frédéric Gourdeau , Claude Levesque , Pierre Mathieu , Thomas Joseph Ransford , Jean-Marie De Koninck , Javad Mashreghi , Thierry Duchesne , Srecko Brlek , Christophe Reutenauer , Vestislav Apostolov , Steven Lu , Geneviève Lefebvre , Pedro Peres-Neto , Hélène Cossette , Étienne Marceau , José Manuel Urquiza , Hugo Chapdelaine , Michael Lau , Alexandre Girouard , Antonio Lei , Anne Bergeron , Jean-François Renaud , Christophe Hohlweg , Mathieu Boudreault , FRANCO SALIOLA , Alexandre Roch , Frédéric Rochon , Mark Powell , Alexandre Blondin-Massé , Clement Hyvrier , Denis Talbot , Alexandre Bureau , M'Hamed Lajmi Lakhal Chaieb , Karim Oualkacha , Aurélie Labbe , Cody Hyndman , Khader Khadraoui , Hamed Hatami , Roger Villemaire , Jean-François Coeurjolly , Frédéric Godin , Marcin Sabok , Yi Yang , Anne Mackay , Paramita Saha Chaudhuri , Jérôme Vétois , Ting-Huei Chen , Christian Genest , Xiaowen Zhou , Sorana Froda
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques

Supplément COVID-19 CRSNG_Algorithmic and combinatorial problems inspired by comparative genomics. Projet de recherche au Canada / 2020 - 2021

Chercheur principal : Sylvie Hamel
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Supplément à l’appui des étudiants, des stagiaires postdoctoraux et du personnel de soutien à la recherche COVID-19

ALGORITHMIC AND COMBINATORIAL STUDIES INSPIRED BY PROGBLEMS OF COMPARATIVE GENOMICS Projet de recherche au Canada / 2003 - 2017

Chercheur principal : Sylvie Hamel
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe

Réseau Franco-Québécois de recherche sur l'ARN Projet de recherche au Canada / 2015 - 2016

Chercheur principal : Sylvie Hamel
Co-chercheurs : Jérôme Waldispuhl
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(FQ) Dévelop. de partenariats stratégiques en matière d'enseignement et de recherche (CFQCU)

CENTRE DE RECHERCHES MATHEMATIQUES (CRM) Projet de recherche au Canada / 2008 - 2016

Chercheur principal : Luc Vinet
Co-chercheurs : Yoshua Bengio , François Lalonde , Gilles Brassard , Michel Delfour , Marlène Frigon , Véronique Hussin , Christiane Rousseau , Pavel Winternitz , Jacques Bélair , Anne Bourlioux , Paul M Gauthier , Sabin Lessard , Jean-François Angers , Abraham Broer , Nadia El-Mabrouk , Gena Hahn , Christian Léger , Fahima Nekka , Jiri Patera , Iosif Polterovich , Yvan Saint Aubin , Andrew Granville , Sylvie Hamel , Manuel Morales , François Perron , Octavian Cornea , Pierre Duchesne , Robert Gwyn Owens , Manu Paranjape , Jonathan Taylor , Michael C. Mackey , Frédéric Lesage , Erica Moodie , Henri Darmon , Maxime Descoteaux , André Dieter Bandrauk , Peter Bartello , Chantal David , Jean-Marc Lina , Johannes Walcher , Anthony Raymond Humphries , John P. Harnad , Jacques Claude Hurtubise , Pengfei Guan , David Avis , James Owen Ramsay , John A Toth , Sherwin A Maslowe , David B Wolfson , Karl Peter Russell , Olga Kharlampovich , Niky Kamran , Adrian Iovita , Eyal Goren , Dmitry Jakobson , Alain C. Vandal , Vojkan Jaksic , Daniel Tzvi Wise , Alexei Miasnikov , Thomas Wihler , Robert Seiringer , André Garon , John Mullins , Éric P. Marchand , Debbie Janice Dupuis , Syed Ali , Yogendra Chaubey , Christopher Cummins , Pawel Gora , Hershy Kisilevsky , John McKay , Galia Dafni , D. Korotkin , Benoit Larose , Marco Bertola , Vasek Chvatal , Alexander Shnirelman , Alina Stancu , Lea Popovic , Ibrahim Assem , Tomasz Kaczynski , Shiping Liu , Virginie Charette , Vasilisa Shramchenko , Bruno L. Rémillard , Yinannis Petridis , David Sankoff , Thomas Brüstle , Habib Benali , Nantel Bergeron , Simon Chauve , Francis Clarke , Richard Fournier , Martin Jakob Gander , Nadia Ghazzali , Alfred Michel Grundland , André Fortin , Louis-Paul Rivest , Christian Genest , François Bergeron , Steven P. Boyer , Line Baribeau , Frédéric Gourdeau , Robert Guénette , Claude Levesque , Pierre Mathieu , Thomas Joseph Ransford , Jean-Marie De Koninck , Javad Mashreghi , Thierry Duchesne , Srecko Brlek , André Joyal , Brenda MacGibbon , Christophe Reutenauer , Vestislav Apostolov , Olivier Collin , Steven Lu , Elisa Shahbazia Ohannessian
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques

ALGORITHMIC AND COMBINATORIAL STUDIES INSPIRED BY PROGBLEMS OF COMPARATIVE GENOMICS Projet de recherche au Canada / 2011 - 2015

Chercheur principal : Sylvie Hamel

Informations supplémentaires

Médias

Portraits de profs : Sylvie Hamel

Capsule vidéo produite par la Fédération québécoise des professeures et professeurs d'université (FQPPU) dans le cadre de sa campagne de valorisation "Portraits de profs".

Nouvelles

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