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/ Department of Computer Science and Operations Research

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Soutenance de thèse - Jérémie Zumer DIRO, IRIC

Bonjour à tous,

Vous êtes cordialement invités à la soutenance de thèse de Jérémie Zumer , telle qu'annoncée ci-dessous:


Title: Deep Learning Algorithms for Database-Driven Peptide Search

Date: Le 22 avril 2024 à 13h00

Location: Salle S1-125, Pavillon Jean-Coutu

 

Jury

PrésidenteMajor, François
Directrice de rechercheLemieux, Lemieux
Membre
François, Paul (Biochimie et médecine moléculaire)
Examinatrice externe
Lavallée-Adam, Mathieu (Université d'Ottawa)

Résumé:

 

La protéomique moderne repose sur l'analyse de données complexes
pour identifier les protéines via la spectrométrie de masse en shotgun.
Ce processus implique la préparation d'un mélange de protéines,
leur digestion et ionisation, suivies de l'injection dans un
spectromètre pour obtenir un spectre de masse. Ce spectre est ensuite
analysé pour matcher les pics observés à une séquence de peptides prévue,
un processus clé dans l'identification des peptides.
Nous abordons des limitations informatiques dans ce domaine, en introduisant
un nouveau moteur de recherche et des algorithmes basés sur l’apprentissage
profond, dont un pour la prédiction de la longueur des peptides et un autre
pour la prédiction de spectres complets. Ces innovations ont amélioré
l'identification des peptides de plus de 20% à un seuil de fausse découverte de 1%.