Soutenance de thèse - Jérémie Zumer DIRO, IRIC
Bonjour à tous,
Vous êtes cordialement invités à la soutenance de thèse de Jérémie Zumer , telle qu'annoncée ci-dessous:
Title: Deep Learning Algorithms for Database-Driven Peptide Search
Date: Le 22 avril 2024 à 13h00
Location: Salle S1-125, Pavillon Jean-Coutu
Jury
Présidente | Major, François |
Directrice de recherche | Lemieux, Lemieux |
Membre | François, Paul (Biochimie et médecine moléculaire) |
Examinatrice externe | Lavallée-Adam, Mathieu (Université d'Ottawa) |
Résumé:
La protéomique moderne repose sur l'analyse de données complexes pour identifier les protéines via la spectrométrie de masse en shotgun. Ce processus implique la préparation d'un mélange de protéines, leur digestion et ionisation, suivies de l'injection dans un spectromètre pour obtenir un spectre de masse. Ce spectre est ensuite analysé pour matcher les pics observés à une séquence de peptides prévue, un processus clé dans l'identification des peptides. Nous abordons des limitations informatiques dans ce domaine, en introduisant un nouveau moteur de recherche et des algorithmes basés sur l’apprentissage profond, dont un pour la prédiction de la longueur des peptides et un autre pour la prédiction de spectres complets. Ces innovations ont amélioré l'identification des peptides de plus de 20% à un seuil de fausse découverte de 1%.