Sébastien Lemieux
- Professeur agrégé
-
Faculté de médecine - Département de biochimie et médecine moléculaire
Pavillon Marcelle-Coutu office 3306-9
- Professeur accrédité
-
Faculté des arts et des sciences - Département d'informatique et de recherche opérationnelle
Web : Page professionnelle (faculté,département,école)
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Microbiologie (B.Sc.)
1998
, Informatique, Microbiologie , Université de Montréal (Canada)
Informatique (M.Sc.)
1999
, Informatique, Bio-informatique , Université de Montréal (Canada)
Informatique (Ph.D.)
2002
, Informatique, Bio-informatique , Université de Montréal (Canada)
Affiliations
- Membre – IRIC — Institut de recherche en immunologie et en cancérologie de l’Université de Montréal
Education Programs
- Fundamental and Applied Sciences Health Sciences Life Sciences
- Fundamental and Applied Sciences Health Sciences Life Sciences
- Fundamental and Applied Sciences Health Sciences Life Sciences
- Fundamental and Applied Sciences Health Sciences Life Sciences
Courses
- BCM2003 Application d'outils bio-informatiques
- BIM6065C Analyse bio-informatique
- BIN6010 Bio-informatique des données
Areas of Expertise
- Bioinformatics
- DNA and RNA Chips
- Proteomics
- Leukemia
- Genome
- Computer Databases
- Data mining
- Chromosomes: Structure / Organization
Student supervision Expand all Collapse all
Improving anti-cancer therapies through a better identification and characterization of non-canonical MHC-I associated peptides
Thèses et mémoires dirigés
/
2023
-
2023
Graduate : Ruiz Cuevas, Maria Virginia
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Traitement des données scRNA-seq issues de la technologie Drop-Seq : application à l’étude des réseaux transcriptionnels dans le cancer du sein
Thèses et mémoires dirigés
/
2023
-
2023
Apprentissage d'atlas cellulaires par la méthode de Factorized embeddings
Thèses et mémoires dirigés
/
2022
-
2022
Reduced collision fingerprints and pairwise molecular comparisons for explainable property prediction using Deep Learning
Thèses et mémoires dirigés
/
2022
-
2022
La génétique humaine pour l'étude de cibles pharmacologiques
Thèses et mémoires dirigés
/
2021
-
2021
Classification moléculaire des Tumeurs de Wilms par analyse RNA-Seq
Thèses et mémoires dirigés
/
2021
-
2021
L’usage des codons régule la présentation des peptides associés aux molécules du CMH-I
Thèses et mémoires dirigés
/
2019
-
2019
Étude de la relation entre structure, dynamique et fonction de l’ARN par l’ingénierie du ribozyme VS de Neurospora
Thèses et mémoires dirigés
/
2019
-
2019
Méthodologie pour l’analyse de données de criblage : application à l'étude de la leucémie myéloïde aiguë
Thèses et mémoires dirigés
/
2018
-
2018
Étude des signatures géniques dans un contexte d’expériences de RNA- Seq
Thèses et mémoires dirigés
/
2018
-
2018
A robust algorithm for segmenting fluorescence images and its application to
single-molecule counting
Thèses et mémoires dirigés
/
2015
-
2015
Identification de nouveaux substrats des kinases Erk1/2 par une approche bio-informatique, pharmacologique et phosphoprotéomique
Thèses et mémoires dirigés
/
2012
-
2012
Comparaison des méthodes d'analyse de l'expression différentielle basée sur la dépendance des niveaux d'expression
Thèses et mémoires dirigés
/
2011
-
2011
Approches transcriptomiques dans l’étude de la fibrose kystique
Thèses et mémoires dirigés
/
2010
-
2010
Annotation des ARN non codants du génome de Candida albicans par méthode bioinformatique
Thèses et mémoires dirigés
/
2009
-
2009
Research projects Expand all Collapse all
Development of reference-free algorithms for low coverage RNA-Seq characterization of cell states Projet de recherche au Canada / 2022 - 2028
Lead researcher :
Sébastien Lemieux
Funding sources:
CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:
PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe
Deciphering metabolic vulnerabilites to improve therapeutic strategies in low survival cancers Projet de recherche au Canada / 2023 - 2027
Lead researcher :
Guy Sauvageau
Co-researchers :
Sébastien Lemieux
,
Anne Marinier
,
Josée Hébert
,
Vincent-Philippe Lavallée
,
Geneviève Deblois
,
Quoc-Huy Trinh
,
Neil Renwick
,
Yuzhuo Wang
Funding sources:
IRSCC/Institut de recherche de la Société canadienne du cancer
Grant programs:
FD - Recruitment of SUMO E3 ligases as a new paradigm for transcription factor inactivation Projet de recherche au Canada / 2021 - 2024
Lead researcher :
Sylvie Mader
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds Nouvelles frontières en recherche - Exploration
FI - Recruitment of SUMO E3 ligases as a new paradigm for transcription factor inactivation Projet de recherche au Canada / 2021 - 2024
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds Nouvelles frontières en recherche - Exploration
Enhancing the Drug Discovery Process: Bayesian Inference to evaluate Efficacy Characteristics of potential Drug Through Uncertainty Projet de recherche au Canada / 2020 - 2024
Lead researcher :
Sébastien Lemieux
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Bourse
Precision therapeutic vaccines against lung cancer Projet de recherche au Canada / 2018 - 2024
Lead researcher :
Claude Perreault
Funding sources:
IRSCC/Institut de recherche de la Société canadienne du cancer
Grant programs:
PVXXXXX-Subventions pour un impact
Mechanisms controlling estrogen receptor alpha expression and activity in breast tumorigenesis Projet de recherche au Canada / 2017 - 2024
Lead researcher :
Sylvie Mader
Co-researchers :
Sébastien Lemieux
Funding sources:
IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs:
PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet
Interrogating and implementing Omics for precision medicine in Acute Myeloid Leukemia. Projet de recherche au Canada / 2017 - 2024
Lead researcher :
Guy Sauvageau
Co-researchers :
Sébastien Lemieux
,
Anne Marinier
,
Philippe P. Roux
,
Josée Hébert
,
Vincent-Philippe Lavallée
,
Ma'n Hilmi Mohammad Zawati
,
Frédéric Barabé
,
Frédéric Barabé
Funding sources:
Génome Québec
,
Génome Canada
,
BMS/Bristol-Myers Squibb
,
Génome Canada
Grant programs:
,
PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.
,
,
PVXXXXXX-Programme d'aide lié à la COVID-19
Développement de nouvelles représentations vectorielles réduites pour l'utilisation de données transcriptomiques et chimiques en leucémie myéloïde aiguë Projet de recherche au Canada / 2020 - 2023
Lead researcher :
Sébastien Lemieux
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Projet recherche collaborative
Développement de nouvelles représentations vectorielles réduites pour l'utilisation de données transcriptomiques et chimiques en leucémie myéloïde aiguë Projet de recherche au Canada / 2020 - 2023
Funding sources:
Génome Québec
Grant programs:
Développement de nouvelles représentations vectorielles réduites pour l'utilisation de données transcriptomiques et chimiques en leucémie myéloïde aiguë Projet de recherche au Canada / 2020 - 2023
Lead researcher :
Sébastien Lemieux
Funding sources:
FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs:
PVXXXXXX-Données omiques contre le cancer
Interrogating and implementing Omics for precision medicine in Acute Myeloid Leukemia Projet de recherche au Canada / 2019 - 2023
Apogée Canada fonds d'excellence en recherche / Bourse d'excellence IVADO au postdoc entrepreneur Muhammad Sohail Projet de recherche au Canada / 2020 - 2022
Lead researcher :
Sébastien Lemieux
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Bourse
Apogée Canada fonds d'excellence en recherche / Bourse d'excellence IVADO au postdoc entrepreneur Muhammad Sohail - Soutien a la recherche Projet de recherche au Canada / 2020 - 2022
Lead researcher :
Sébastien Lemieux
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Bourse
Apogée Canada fonds d'excellence en recherche / Bourse d'excellence IVADO à la maitrise Thomas MacDougall Projet de recherche au Canada / 2019 - 2022
Lead researcher :
Sébastien Lemieux
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Bourse
Développement de vaccins thérapeutiques contre les leucémies aigues myéloides et lymphoides / Oncopole Projet de recherche au Canada / 2018 - 2022
Lead researcher :
Claude Perreault
Co-researchers :
Pierre Thibault
,
Sébastien Lemieux
,
Jean-Sébastien Delisle
,
Michel Tremblay
,
Xavier Roucou
Funding sources:
CQDM/Consortium québécois sur la découverte du médicament
,
FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs:
,
PVXXXXXX-Oncopole EMC2 (Équipes multidisciplinaires contre le cancer)
Établissement d'un pipeline de criblage chimiogénomique pour les leucémies pédiatriques à haut risque Projet de recherche au Canada / 2018 - 2022
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Co-researchers :
Guy Sauvageau
,
Sébastien Lemieux
,
Anne Marinier
,
Josée Hébert
,
Michael David Tyers
,
Sonia Cellot
,
Frédéric Barabé
,
Kolja Eppert
Funding sources:
FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Grant programs:
PVXXXXXX-Oncopole EMC2 (Équipes multidisciplinaires contre le cancer)
Interrogating and implementing Omics for precision medicine in Acute Myeloid Leukemia Projet de recherche à l’international / 2018 - 2022
Co-researchers :
Sébastien Lemieux
,
Anne Marinier
,
Philippe P. Roux
,
Ma'n Hilmi Mohammad Zawati
,
Frédéric Barabé
Funding sources:
Génome Canada
,
Génome Québec
Grant programs:
,
Établissement d'un pipeline de criblage chimiogénomique pour les leucémies pédiatriques à haut risque Projet de recherche au Canada / 2018 - 2022
Lead researcher :
Brian Wilhelm
Co-researchers :
Guy Sauvageau
,
Sébastien Lemieux
,
Anne Marinier
,
Josée Hébert
,
Michael David Tyers
,
Sonia Cellot
,
Frédéric Barabé
,
Kolja Eppert
Funding sources:
IRICoR
Grant programs:
PV143493-(RCE) Réseaux de centres d'excellence
Matching MHC 1-associated peptide spectra to sequencing reads using deep neural networks Projet de recherche au Canada / 2018 - 2021
Lead researcher :
Pierre Thibault
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
,
Génome Québec
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Projet de recherche
,
Programme de fonds de démarrage et d'opération pour professeur IVADO - Fonds de d'opération - Sébastien Lemieux Projet de recherche au Canada / 2018 - 2021
Lead researcher :
Sébastien Lemieux
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Fonds démarrage et opération
Deep learning for precision medicine by joint analysis of gene expression profiles measured through RNA-Seq and microarrays Projet de recherche au Canada / 2018 - 2021
Lead researcher :
Sébastien Lemieux
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
,
Génome Québec
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Projet de recherche
,
UNE APPROCHE CHIMIO- ET PROTEO-GENOMIQUE EN MEDECINE PERSONNALISEE POUR LA LEUCEMIE MYELOIDE AIGUE Projet de recherche au Canada / 2015 - 2020
Lead researcher :
Guy Sauvageau
Co-researchers :
Claude Perreault
,
Stephen Hanessian
,
Michel Bouvier
,
Trang Hoang
,
François Major
,
Denis-Claude Roy
,
Louis Gaboury
,
Sylvie Mader
,
Sylvain Meloche
,
Marc Therrien
,
Pierre Thibault
,
Katherine Borden
,
Jean-Claude Labbé
,
Alain Verreault
,
Julie Lessard
,
Jean Roy
,
Martine Raymond
,
Vincent Archambault
,
Sébastien Lemieux
,
Anne Marinier
,
Jean-Sébastien Delisle
,
Brian Wilhelm
,
Damien D'Amours
,
Philippe P. Roux
,
Josée Hébert
,
Julie Bergeron
,
Léa Harrington
,
Michael David Tyers
,
Grégoire Leclair
Funding sources:
FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'innovation
Expansion of human cord blood hematopoietic stem cells with UM171 in a fed-batch culture system. Projet de recherche au Canada / 2015 - 2020
Lead researcher :
Sandra Cohen
Co-researchers :
Claude Perreault
,
Guy Sauvageau
,
Jean Roy
,
Sébastien Lemieux
,
Denis Roy
,
Silvy Lachance
,
Keith Humphries
,
Connie Eaves
,
Peter Zandstra
,
Donna Hogge
,
Frédéric Barabé
Funding sources:
IRSCC/Institut de recherche de la Société canadienne du cancer
Grant programs:
Programme de fonds de démarrage et d'opération pour professeure IVADO - Compte pour le fonds de démarrage - Sébastien Lemieux Projet de recherche au Canada / 2018 - 2019
Lead researcher :
Sébastien Lemieux
Funding sources:
SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs:
PVXXXXXX-Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada/Fonds démarrage et opération
The canadian National Transplant Research Program : Increasing donation and improving transplantation outcomes Projet de recherche au Canada / 2016 - 2018
Lead researcher :
Lori J. West
Co-researchers :
Claude Perreault
,
Denis-Claude Roy
,
Yves Berthiaume
,
Michel White
,
Shijie Qi
,
Pierre Thibault
,
Jean-François Cailhier
,
Marie-Chantal Fortin
,
Elie Haddad
,
Sébastien Lemieux
,
Héloïse Cardinal
,
Lynne Sénécal
,
Silvy Lachance
,
Catherine Litalien
Funding sources:
IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs:
PVXXXXXX-Partenariats nationaux - IRSC/FRQS transplantation
Gene regulatory networks controlling mammary epithelial cell differentiation Projet de recherche au Canada / 2015 - 2018
Lead researcher :
Sylvie Mader
Funding sources:
IRSCC/Institut de recherche de la Société canadienne du cancer
Grant programs:
PV132873-Subventions pour l'innovation
CLINICAL APPLICATION OF A NOVEL MOLECULE THAT EXPANDS HUMAN CORD BLOOD STEM CELLS Projet de recherche au Canada / 2015 - 2018
Lead researcher :
Jean Roy
Co-researchers :
Claude Perreault
,
Denis-Claude Roy
,
Guy Sauvageau
,
Sébastien Lemieux
,
Sandra Cohen
,
Silvy Lachance
,
Keith Humphries
,
Peter Zandstra
,
Donna Hogge
,
Frédéric Barabé
,
Connie Eaves
Funding sources:
IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs:
PVXX5647-(MOP) Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques (général)
PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY PROGRAM Projet de recherche au Canada / 2014 - 2018
Funding sources:
IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs:
PVXXXXXX-(GPH) Financement en médecine personnalisée
PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY PROGRAM Projet de recherche au Canada / 2014 - 2018
Funding sources:
IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs:
PVXXXXXX-(GPH) Financement en médecine personnalisée
PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY Projet de recherche au Canada / 2013 - 2018
Funding sources:
Génome Québec
Grant programs:
Development of Tissue-Based Biomarker Panels for Breast Cancer Treatment. Projet de recherche au Canada / 2016 - 2017
Lead researcher :
Sylvie Mader
Co-researchers :
Sébastien Lemieux
Funding sources:
MITACS Inc.
,
Ministère Économie et Innovation
Grant programs:
PVXXXXXX-Stage Accélération Québec - MITACS
,
PVXXXXXX-Prog. soutien rech (PSR v1B): Soutien à des projets rech. (Mitacs)
INNOVATIVE CHEMOGENOMIC TOOLS TO IMPROVE OUTCOME IN ACUTE MYELOID LEUKEMIA Projet de recherche au Canada / 2013 - 2017
Co-researchers :
Michel Bouvier
,
Sébastien Lemieux
,
Anne Marinier
,
Brian Wilhelm
,
Alejandro Murua
,
Denise Avard
,
Yann Joly
,
Ma'n Hilmi Mohammad Zawati
,
Frédéric Barabé
Funding sources:
Génome Canada
,
Génome Québec
Grant programs:
,
INNOVATIVE CHEMOGENOMIC TOOLS TO IMPROVE OUTCOME IN IN ACUTE MYELOID LEUKEMIA Projet de recherche au Canada / 2013 - 2017
Lead researcher :
Guy Sauvageau
Co-researchers :
Michel Bouvier
,
Sébastien Lemieux
,
Anne Marinier
,
Brian Wilhelm
,
Josée Hébert
,
Alejandro Murua
,
Denise Avard
,
Yann Joly
,
Ma'n Hilmi Mohammad Zawati
,
Frédéric Barabé
Funding sources:
Génome Québec
Grant programs:
PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.
INNOVATIVE CHEMOGENOMIC TOOLS TO IMPROVE OUTCOME IN ACUTE MYELOID LEUKEMIA Projet de recherche au Canada / 2013 - 2017
Lead researcher :
Guy Sauvageau
Co-researchers :
Michel Bouvier
,
Sébastien Lemieux
,
Anne Marinier
,
Brian Wilhelm
,
Josée Hébert
,
Alejandro Murua
,
Denise Avard
,
Yann Joly
,
Ma'n Hilmi Mohammad Zawati
,
Frédéric Barabé
Funding sources:
Génome Canada
Grant programs:
PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.
PERSONALIZED CANCER IMMUNOTHERAPY Projet de recherche au Canada / 2013 - 2017
Development of Tissue-Based Biomarkers Panels for Breast Cancer Treatment. Projet de recherche au Canada / 2016 - 2016
Lead researcher :
Sylvie Mader
Co-researchers :
Sébastien Lemieux
LE PROJET LEUCEGENE : SEQUENCAGE DU TRANSCRIPTOME POUR L'IDENTIFICATION DE NOUVEAUX MARQUEURS PRONOSTIQUES ET CIBLES THERAPEUTIQUES DANS LA LEUCEMIE MYELOIDE AIGUE Projet de recherche au Canada / 2010 - 2013
Lead researcher :
Guy Sauvageau
Co-researchers :
Michel Bouvier
,
Sébastien Lemieux
,
Brian Wilhelm
,
Josée Hébert
,
Denise Avard
,
Frédéric Barabé
Funding sources:
Génome Québec
Grant programs:
GENE INTERDEPENDENCE IN MICROARRAY DATA ANALYSIS Projet de recherche au Canada / 2008 - 2012
Lead researcher :
Sébastien Lemieux
Publications Expand all Collapse all
- Les publications de Sébastien Lemieux, sont disponibles ici : https://www.iric.ca/recherche/chercheurs-principaux/sebastien-lemieux/?section=publications
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