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Hamel, Sylvie

Professeure titulaire

  • Responsable du 1er cycle bio-informatique
  • Responsable des cycles supérieurs bio-informatique

Contact :

  • Téléphone 514-343-6111 #3504 Pav. PAVILLON ANDRE-AISENSTADT \ bur. 3161

Site Web

Hamel, Sylvie

Champs d'expertise

Projets en cours

  • Mes recherches se situent dans le domaine de la génomique comparative i.e l'extraction d'information provenant de la comparaison de génomes de différentes espèces, via une approche théorique et algorithmique. En effet, les problèmes algorithmiques liés à l'analyse de ces masses de données provenant du séquençage de génomes nécessitent des calculs exigeants sur des structures complexes. Il apparaît essentiel d'étudier théoriquement ces structures dans le but d'accélérer ces calculs par l'utilisation d'algorithmes efficaces ou d'outils combinatoires. Plus précisément, je m'intéresse à l'étude et la comparaison de structures secondaires d'ARN, à la comparaison de l'ordre des gènes dans les génomes d'espèces différentes et à la réconciliation d'arbres de gènes et d'espèces.

Publications principales

Quelques articles récents:

Articles dans des revues internationales:

- J.P.Doyon, C.Chauve et S.Hamel, An efficient method for exploring the space of gene tree/species tree reconciliations in a probabilistic framework, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Vol.9, No. 1, pp. 26-39, 2012.

- A.Ouangraoua, V. Guignon, C. Chauve et S. Hamel, A new algorithm for aligning nested arc-annotated sequences under arbitrary weight schemes, Theoretical Computer Science, Volume 412, Issues 8-10, pp. 753-764, 2011.

- G.Blin, M.Crochemore, S.Hamel et S.Vialette, Medians of an odd number of permutations, Pure Mathematics and Applications, Volume 21, Issue 2, pp. 161-175, 2010.

Articles dans des conférences internationales:

- X.Yang, F.Sikora, G.Blin, S.Hamel, R.Rizzi et S.Aluru, An Algorithmic View on Multi-related-segments: a unifying model for approximate common interval, TAMC 2012 (9th annual conference on Theroy and Applications of Models of Computation), pp. 319-329, 2012.

- S.Hassaine, Y.G.Guéhéneuc, S.Hamel et A.Giuliano, ADvISE: Architectural Decay In Software Evolution, CSMR 2012 (16th European Conference on Software Maintenance and Reengineering), pp. 267-276, 2012.

- J.Azé, T.Bouquard, S.Hamel, A.Poupon et D.W.Ritchie, Using Kendall-tau meta-bagging to improve Protein-Protein Docking predictions,  Lecture Notes in Bioinformatics 7036,  PRIB 2011 (6th IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics), pp. 284-295, 2011.

- F.Jaafar, Y-G.Guéhéneuc, S.Hamel et A.Giuliano, An Exploratory Study of Macro Co-changes, Proceedings of the 18th Working Conference on Reverse Engineering (WCRE), IEEE Computer Society Press, pp. 325-334, 2011.

- S.Hassaine, F.Boughanmi, Y-G.Guéhéneuc, S.Hamel et A.Giuliano, A seismology-inspired approach to study change propagation, Proceedings of the 27th IEEE International Conference on Software Maintenance (ICSM), IEEE Computer Society Press, pp. 53-62, 2011.

- S.Cohen-Boulakia, A.Denise et S.Hamel, Using Medians to generate consensus rankings for biological data, Lecture Notes in Computer Science 4580, SSDBM 2011 (23rd Scientific and Statistical Database Management Conference), pp. 73-90, 2011.

- G.Blin, S.Hamel et S.Vialette, Comparing RNA structures with biologically relevant operations cannot be done without strong combinatorial restrictions, Lecture Notes in Computer Science 5942,  WALCOM2010 (Workshop on Algorithms and Computations), pp.149-160, 2010.

Cours donnés au département ce trimestre

Thèses et mémoires dirigés au département et disponibles dans Papyrus

Nouvelles

Autres mémoires et thèses dirigés: